Las primeras menciones documentales de este conjunto palaciego se remontan a 1425, cuando Ruy Fernández, señor de Fuentecubierta, adquirió por 750 doblas de oro un grupo de casas medievales que hoy corresponden a los patios del Recibo, del Archivo y de los Naranjos, núcleo original del palacio. En 1492, Gómez Suárez de Figueroa, alcaide mayor de Antequera y veinticuatro de Córdoba, fundó un mayorazgo, por lo que puede considerarse el primer propietario del conjunto, conocido desde entonces como palacio de don Gome. A las propiedades heredadas de su padre sumó, en 1500, la compra de las viviendas que conforman la actual plaza de don Gome.

Tras la muerte de Gómez Suárez de Figueroa sin descendencia, el palacio pasó a su sobrino Bernardino de Figueroa y Córdoba. Su hijo, Gómez de Figueroa y Córdoba, primer señor de Villaseca, amplió el inmueble en 1545 con la adquisición de las casas de la Puentezuela de Tres Caños, hoy patio de los Gatos, aunque las perdió en 1561 tras un litigio con su hija. El segundo señor de Villaseca, Luis Gómez de Figueroa y Córdoba, llevó a cabo la primera gran transformación renacentista, que incluyó el patio de Recibo, la portada principal —atribuida probablemente al artista cordobés Juan de Ochoa— y las caballerizas, coincidiendo con su matrimonio en 1571 con María de Guzmán de Argote, miembro de una destacada familia cordobesa. En 1624, el tercer señor de Villaseca, Gómez de Figueroa y Córdoba, mandó realizar las conocidas Rejas de don Gome, una imponente fachada en el patio de las Rejas destinada a comunicar la vivienda con el exterior y a reflejar el nuevo estatus social de la familia. Posteriormente, el cuarto señor de Villaseca, Luis Gómez Bernardo Fernández de Córdoba y Figueroa, recuperó en 1647 las casas de la Puentezuela de Tres Caños, actual patio de los Gatos.

Durante el siglo XVIII se acometieron las reformas más relevantes bajo el impulso de Ana Rafaela Fernández de Mesa de Argote, sexta marquesa de Villaseca, quien promovió la creación de las dependencias del Archivo Histórico de Viana, la remodelación del patio de la Madama y la construcción del patio del Archivo hacia 1737. Finalmente, en 1814, el séptimo marqués de Villaseca, Diego Rafael Cabrera y Fernández de Mesa, duplicó la extensión del palacio al incorporar las casas colindantes de los condes de Torres Cabrera, obtenidas mediante un intercambio por un cortijo, lo que permitió añadir los actuales patios de la Cancela, la Alberca, el Pozo, los Jardineros, de la Capilla y el amplio jardín.