El producto final, recuerda a los tres dominios que Felipe II había amado en su juventud en Valladolid, Milán y Bruselas: la planta rectangular con sus cuatro torres en las esquinas, típica de los sobrios palacios castellanos de piedra; la arquitectura clásica italiana en la basílica y las portadas; y las típicas cubiertas de pizarra flamenca, en este caso realizadas con pizarra de las canteras de Bernardos (Segovia), que Felipe II mandó extraer para su construcción. 8 En 1968, las cubiertas sufrieron una renovación integral, utilizándose vigas de hierro en sustitución de las de pino de Valsan y San Rafael.
El Monasterio, destaca por la fuerza de su imagen, la hábil disposición de su intrincado programa funcional, el rigor arquitectónico de cada uno de sus componentes, la elegancia de la articulación arquitectónica entre los diversos elementos, la meticulosa perfección de sus proporciones y su riqueza de significados simbólicos. Cabe destacar su asombrosa coherencia estilística, así como el hecho de que se terminara en el brevísimo plazo de veintiún años de la época. El eje principal del proyecto está formado por la Fachada Principal con la estatua de San Lorenzo, la Biblioteca, los Reyes de Judá, la Basílica y el palacio privado del Rey. Los valores del proyecto incluyen el orden, la jerarquía y el vínculo perfecto entre todos los componentes de la composición. El inminente advenimiento del Barroco queda prefigurado por la teatralidad de este recorrido a través de este enorme eje central para presentar finalmente el Tabernáculo con la Eucaristía.
Se utilizó el estilo renacentista porque era muy pulido y carecía de excesiva ornamentación plateresca. El toscano, la forma más directa del clasicismo, y el dórico en la iglesia son los dos órdenes arquitectónicos principales. El Monasterio de El Escorial fue una representación de la transición entre la España medieval y la moderna a pesar de su austeridad y apariencia externa de frialdad. No puede dejar de impresionarnos su arquitectura, que se erige como la mejor ilustración del Renacimiento español y un ejemplo paradigmático del llamado estilo "herreriano" o "desornamentado". En consonancia con la gran cultura humanista que Felipe II y sus arquitectos adquirieron en sus viajes por Italia, Alemania y los Países Bajos, contrapusieron el resurgir del clasicismo romano al desbordante plateresco de la época. Es posiblemente la página más deslumbrante de la arquitectura española y una de sus mayores obras maestras. Cabe destacar la gran sensibilidad de la fachada sur, superior a sus imitaciones del siglo XX en un tema tan desafiante como la duplicación de tantas ventanas en un solo lienzo.
Le Corbusier vio la estructura a petición de Garca Mercadal en 1928 y le gustó su arquitectura hasta el punto de que se han hecho comparaciones con la propuesta del Mundaneum de 1929. Tras la celebración del cuarto centenario del monasterio en 1984, se redescubrieron numerosas características arquitectónicas de la estructura, como la intrincada geometría de las agujas herrerianas, la bóveda plana de bronce, las encantadoras chimeneas siamesas y el inteligente diseño espacial de la iluminación cenital de la linterna del convento. El impresionante Patio de los Evangelistas, con el magnífico ejercicio de bramantismo del templete central, la grandiosa cúpula apoyada en un tambor, la colosal escalera del convento, y los ejemplos de manierismo de la Basílica y la fachada principal, entre otros ejemplos de gran arquitectura, son sólo algunos de los tesoros históricamente reconocidos de El Escorial.