El claustro principal del monasterio se encuentra adosado al muro norte de la iglesia, con la que se comunica a través de una puerta románica. Su construcción se realizó en varias fases, sustituyendo estancias anteriores, como la sala capitular. Se estima que ya estaba planteado hacia 1162-1163, basándose en el estilo arquitectónico de sus bóvedas lisas y apuntadas, características del primer arte cisterciense. Aunque su emplazamiento al norte de la iglesia no contradice las normas monásticas, es poco habitual, ya que tradicionalmente los claustros se sitúan al sur del templo.

La sala capitular destaca por sus proporciones y su cubierta con una magnífica bóveda de crucería. El refectorio continúa en uso por los monjes, mientras que la cocina, restaurada y equipada, forma parte del recorrido turístico y sirve como ejemplo representativo de las cocinas cistercienses. Frente al refectorio, en el patio, se alza el templete del lavabo, una construcción del siglo XIV que destaca por sus arcos proporcionados y de notable belleza arquitectónica.

Pese a los daños sufridos por el monasterio a lo largo del siglo XIX y principios del XX, el claustro principal ha sido restaurado, permitiendo apreciar sus arquerías sobrias y armónicas, datadas entre finales del siglo XII y comienzos del XIII.

Existen además otros claustros menores:

El Claustro de San Esteban o de la enfermería está situado en el extremo este del recinto monástico, tiene planta casi regular. Sus lados cortos presentan 4 y 5 arcos de medio punto respectivamente, mientras que los lados largos cuentan con 8 y 9 pilares sin capiteles. La decoración es sencilla, con una imposta de motivos vegetales. Este claustro ya existía en 1228 y fue reconstruido en el siglo XV.

El Claustro del locutorio está ubicado junto al muro este de la sala capitular, combina capiteles de tradición románica con molduras de arcos ya góticas, lo que refleja la transición estilística entre ambos periodos.