La iglesia de San Juan, también conocida como iglesia de San Nicolás, se encuentra en la Praza do Camiño, una parada importante del Camino de Santiago. En el siglo XII, la Orden de los Caballeros de San Juan de Jerusalén se estableció aquí para gestionar un hospital de peregrinos.

Construida en el siglo XIII, su edificación fue llevada a cabo por uno de los principales colaboradores del maestro Mateo, conocido por su trabajo en la Catedral de Santiago. La iglesia se ubicaba originalmente junto al río Miño, en un lugar estratégico del Camino Francés, pero fue trasladada en la década de 1950 a su ubicación actual debido a la construcción del embalse de Belesar. Aún se pueden observar los sillares numerados como testimonio de su reconstrucción.

El templo tiene la apariencia de una iglesia-fortaleza, con una sola nave y una cabecera semicircular. La fachada principal, que imita una estructura defensiva, cuenta con almenas, saeteras y torres a ambos lados. Destaca un gran arco de descarga, dividido por un tornalluvias, y un imponente rosetón, uno de los más grandes de Galicia. El pórtico principal, con tres arquivoltas decoradas, está inspirado en el taller del maestro Mateo. En la arquivolta interior se pueden ver los veinticuatro Ancianos del Apocalipsis tocando instrumentos, mientras que el tímpano liso alberga la figura del Pantocrátor. Los capiteles de las columnas están adornados con motivos vegetales.

Las puertas laterales norte y sur también se conservan. El tímpano de la puerta norte muestra la Anunciación, mientras que en la puerta sur se representa a una figura con mitra y casulla. Ambas puertas presentan arquivoltas con una rica ornamentación.

El interior de la iglesia es sobrio y elegante, con una nave cubierta por una bóveda de cañón apuntado, y la cabecera con bóvedas de cañón y de cascarón. Un rosetón en el arco triunfal ilumina la nave. A cada lado, dos baldaquinos flanquean la entrada.

Dos escaleras de caracol, ubicadas a ambos lados de la puerta principal, conducen a un corredor bajo el rosetón y a un paseo de ronda almenado que rodea las cuatro torres.

La iglesia de San Juan de Portomarín es considerada uno de los mejores ejemplos del románico gallego y fue declarada Monumento Histórico-Artístico en 1931.