La puerta del Perdón recibe su nombre porque por ella accedían los peregrinos que recorrían el Camino de Santiago, buscando obtener en esta iglesia las indulgencias correspondientes y el perdón de sus pecados. Se abre en la fachada sur del crucero y pertenece al románico pleno, siendo sus relieves atribuidos al maestro Esteban, escultor que trabajó también en las catedrales de Pamplona y Santiago de Compostela. Su realización es posterior a la Puerta del Cordero y supone la primera ocasión en la que Esteban esculpió una serie de temas evangélicos que luego serían reproducidos en otras portadas del Camino, como la de la catedral de Compostela, la de Santa María de Pamplona y la de Toulouse.

La fachada se divide en dos cuerpos mediante una cornisa ajedrezada. En el superior se disponen tres grandes arcos de medio punto, siendo ciegos los laterales, mientras que las columnas centrales son geminadas y presentan basas áticas con garras; el ventanal central, cerrado con una reja románica, completa este cuerpo. La parte inferior alberga la portada propiamente dicha, en la que el tímpano se divide en tres dovelas con relieves que muestran escenas alejadas de la influencia mozárabe, aunque en las enjutas se conserva esta reminiscencia, no por el tema sino por la disposición de las esculturas de San Pedro y San Pablo, situando a San Pablo en el lugar preferente de la derecha, siguiendo la tradición hispánica de la época.

Las tres escenas representadas son la Ascensión, el Descendimiento y el Sepulcro vacío, contempladas por las tres Marías. Las arquivoltas, de moldura en bocel y muy peraltadas, descansan sobre columnas acodilladas y están enmarcadas por moldura ajedrezada, mientras que el dintel se apoya sobre cabezas de león y de perro. La Ascensión, a la izquierda, destaca por mostrar a Cristo como si fuera ayudado o empujado hacia los cielos por dos ángeles, con el nimbo acompañado de la inscripción “Ascendo ad patrem mevm et patrem vestrvm”. En el centro, el Descendimiento refleja un gran realismo, con dos ángeles turiferarios sobre el brazo horizontal de la cruz. A la derecha, las tres Marías se sitúan ante el sepulcro vacío, protegido por un ángel de grandes alas que cubre toda la escena bajo un arco románico peraltado.

Estas composiciones del maestro Esteban se difundieron ampliamente entre los escultores que recorrían el Camino de Santiago, extendiéndose posteriormente hasta Francia y consolidando un repertorio iconográfico que influyó de manera notable en la escultura románica del siglo XI.