Debido a las transformaciones políticas del siglo XIX y a las guerras civiles, el monasterio entró en un proceso de declive. En 1822 se pusieron a la venta sus propiedades y los monjes fueron expulsados por los somatenes liberales, que se enfrentaban a los absolutistas. Posteriormente, el monasterio quedó abandonado y, durante dos años, sufrió incendios y saqueos, aunque se habían retirado previamente los tesoros de joyería. En 1825, en el decenio ominoso de Fernando VII, los monjes regresaron para intentar restaurar el orden, reparar los daños y recuperar parte de lo perdido. Sin embargo, las continuas disputas entre liberales y absolutistas resultaron desastrosas para muchos enclaves monásticos de Cataluña. Durante la primera guerra carlista en 1833, tropas itinerantes ocuparon el monasterio; violaron las tumbas quemando los ropajes en busca de oro y piedras preciosas. Más tarde se recuperaron numerosos volúmenes y documentos, y los restos de las tumbas fueron trasladados a Tarragona para su custodia. Ante la situación, tanto los frailes jóvenes como los veteranos decidieron abandonar el claustro, refugiándose en casas particulares y extrayendo los objetos de mayor valor que pudieron trasladar, lo que provocó la pérdida casi total de dichos bienes. Quedaron en el monasterio la biblioteca, los archivos y las tumbas reales, expuestos a futuros saqueos y profanaciones.

Los saqueos, incendios y la falta de cuidado habían convertido el complejo en un conjunto de ruinas olvidadas. En 1930 se creó el Patronato de Poblet para rescatar las antiguas piedras y obras de arte que aún se conservaban, y se fundó una Hermandad de Amigos del Monasterio. Estas iniciativas permitieron recuperar gran parte del edificio, y en 1940 un grupo de cuatro monjes cistercienses italianos volvió a habitar el lugar.

Actualmente, el monasterio sigue siendo ocupado por monjes cistercienses, quienes cuidan el recinto, rezan y mantienen una pequeña huerta. Además, gestionan una hospedería que ofrece alojamiento a doce hombres que buscan un retiro espiritual, recibiendo a cambio limosnas voluntarias, práctica común en muchos monasterios españoles.