El Monasterio de Santa Clara de Coímbra, conocido como Santa Clara-a-Velha, se sitúa en la margen izquierda del río Mondego, en la freguesia de Castelo Viegas, y constituye un testimonio excepcional de la arquitectura gótica en Portugal. Su fundación, a finales del siglo XIII, se relaciona con la creciente influencia de la Orden de los Frailes Menores y con la expansión de la vida monástica femenina inspirada por Santa Clara de Asís. El origen del convento se remonta a los esfuerzos de Mor Dias, una noble coimbrense que, desde 1278, intentó fundar una casa de clarisas independiente del Monasterio de Santa Cruz, pese a la oposición de este último. En 1283 obtuvo la autorización para erigir un monasterio dedicado a Santa Clara y Santa Isabel de Hungría, cuya construcción comenzó en 1286 cerca del convento franciscano de la ciudad. Aunque las disputas con Santa Cruz se prolongaron, Mor Dias legó sus bienes al convento tras su muerte en 1302, permitiendo su continuidad hasta que fue refundado gracias a la intervención de la reina Isabel, quien medió en el conflicto, obtuvo la autorización papal en 1314 y asumió el patrocinio de las obras, añadiendo un hospital y un palacio donde se retiró tras enviudar en 1325.

La iglesia, consagrada en 1330, fue diseñada siguiendo las pautas de los templos clarisas, con tres naves de igual altura, sin transepto, cubiertas con bóvedas de piedra, y una cabecera de tres capillas, destacando el ábside poligonal de la mayor. Estêvão Domingues, maestro de obras tras Domingos Domingues, introdujo soluciones innovadoras para la época, como la utilización de bóvedas de cañón en la nave central y de crucería en las laterales, así como la construcción de un claustro abastecido de agua por canalizaciones procedentes de la actual Quinta das Lágrimas. Isabel de Portugal, conocida como la Reina Santa, vivió en el convento sin profesar votos, dedicando su fortuna a obras de caridad y a la mejora del monasterio, y en 1336 fue sepultada en el templo, cumpliendo su deseo testamentario.

A pesar de su esplendor inicial, el monasterio sufrió graves problemas por las frecuentes inundaciones del Mondego, registradas desde 1331, que obligaron a elevar sucesivamente los suelos e incluso a construir en el siglo XVII un piso superior para habitar, abandonando la planta baja. Finalmente, en 1677, las monjas se trasladaron a un nuevo edificio en el Monte de la Esperanza, el Monasterio de Santa Clara-a-Nova, quedando el antiguo convento, desde entonces llamado Santa Clara-a-Velha, relegado a usos agrícolas y en progresiva ruina.

El conjunto fue declarado Monumento Nacional en 1910 y, a partir de la década de 1930, comenzaron intervenciones de restauración que no lograron frenar los daños causados por las crecidas del río, quedando el templo parcialmente sepultado por sedimentos y envuelto en un aura romántica de ruina. En los años noventa se impulsó un ambicioso proyecto de recuperación dirigido por el arqueólogo Artur Côrte-Real, que incluyó excavaciones arqueológicas entre 1995 y 2000, la construcción de una cortina para contener las aguas y la recuperación de valiosos vestigios patrimoniales que revelaron aspectos de la vida conventual. En 2001 se convocó un concurso internacional para la rehabilitación del lugar, ganado por el Atelier 15, y en 2004 se inició un proyecto de valorización que incorporó un moderno centro de interpretación, inaugurado en 2009. Este espacio, de mil metros cuadrados, alberga una exposición permanente con objetos de las monjas clarisas, como porcelanas, rosarios y joyas, además de un auditorio, salas de exposiciones, tienda y cafetería. Gracias a esta labor, el Monasterio de Santa Clara-a-Velha se ha convertido en un importante centro cultural y de memoria histórica, siendo galardonado con el Premio Europa Nostra en 2010.