Construida a comienzos del siglo XVI según los planos de Marco Pires, la capilla combina elementos del gótico tardío con decoraciones renacentistas y barrocas, fruto de las intervenciones que se fueron sucediendo entre los siglos XVII y XVIII. Su interior sorprende por la riqueza ornamental: los azulejos que cubren la nave y el presbiterio, datados del siglo XVII, crean un ambiente de solemnidad y color, mientras que en el nicho del arco destaca la delicada imagen de Santa Catarina, obra del escultor Fray Cipriano da Cruz.

Sin embargo, el verdadero protagonista de este espacio es el magnífico órgano barroco instalado entre 1733 y 1738, cuyas maderas fueron decoradas con refinados motivos al estilo chinoiserie por el pintor Gabriel Ferreira da Cunha. Este instrumento no solo es una pieza artística de gran valor, sino que aún hoy llena de música la capilla en ceremonias y conciertos, manteniendo viva una tradición de siglos. Situada en el Paço das Escolas, la Capilla de San Miguel sigue siendo un lugar de culto y al mismo tiempo un símbolo del esplendor artístico y espiritual que define a la Universidad de Coímbra, donde cada detalle refleja la armonía entre fe, arte y conocimiento.