La cripta de Santa Leocadia es uno de los vestigios más antiguos que se conservan del conjunto de edificios palatinos y eclesiásticos existentes en la zona en tiempos de Alfonso II; el casto de los que también forma parte la iglesia de San Tirso, si bien la construcción de la cripta se atribuye a Alfonso III.

La cripta formó parte de un conjunto de dos santuarios superpuestos, pero sin comunicación entre ellos, la cripta es el santuario inferior y el superior es la cámara Santa.