La Universidad de Alcalá se organiza en torno a tres campus principales que reflejan su crecimiento y diversificación académica. Dos de ellos se encuentran en la propia ciudad de Alcalá de Henares: uno situado en el centro histórico, que ocupa edificios emblemáticos del antiguo conjunto universitario renacentista, y otro más moderno en la periferia, conocido como el Campus Científico-Tecnológico, especializado en áreas como la ingeniería, la biomedicina y las ciencias experimentales. El tercer campus se localiza en la ciudad de Guadalajara, ampliando así la proyección de la universidad en el ámbito regional.

Esta estructura multicampus responde a una reorganización institucional aprobada por el Consejo de Gobierno de la universidad el 2 de octubre de 2012 y autorizada oficialmente por la Comunidad de Madrid el 29 de octubre del mismo año. Con este nuevo modelo organizativo, la Universidad de Alcalá se articula en 9 facultades y escuelas, 2 centros adscritos, 23 departamentos académicos y 10 institutos de investigación. Esta configuración permite una oferta educativa amplia, que abarca desde las humanidades y las ciencias sociales hasta la tecnología, la salud y la investigación aplicada, consolidando a la universidad como un referente académico tanto a nivel nacional como internacional.