La Santa Iglesia Catedral de Nuestra Señora de la Merced es un templo católico, sede de la Diócesis de Huelva.

Creado como convento de padres mercedarios en 1605 sobre la antigua Ermita de San Roque, funcionó como capilla del Hospital Provincial y como parroquia hasta que fue consagrado como catedral el 15 de marzo de 1954 al ser creada la diócesis onubense a partir de la Archidiócesis de Sevilla.

El convento de la Merced fue levantado por orden de Alonso Pérez de Guzmán, VII duque de Medina Sidonia y señor de Huelva en esta época. La iglesia, actual catedral de Huelva, servía de capilla para los cultos del convento de los Mercedarios Descalzos, y fue fundado en 1605.

La estructura original duró apenas un siglo, debido a que la ruina amenazaba el conjunto ya en 1714 y el terremoto de Lisboa de 1755 resintió la edificación de manera grave, dejando destruida la capilla de San Cayetano. A pesar de ello, el siguiente seísmo en 1765 fue el que terminó de afectar gravemente a la Iglesia y Convento de La Merced, siendo necesaria una reforma integral. A finales del siglo XVIII, bajo proyecto de Pedro de Silva, ya en puro estilo barroco, se erigió el nuevo templo, encargándose de las obras Ambrosio de Figueroa y a su muerte en 1775, las continúa Francisco Díaz Pinto. Esta reforma que conformaría el aspecto actual de la Iglesia de la Merced duró hasta bien entrado el siglo XIX.

Los principales trabas en la larga reforma de la iglesia fueron la invasión napoleónica de Huelva de 1811, la supresión de los señoríos en 1811 (ya que seguía vinculado a la Casa de Medina Sidonia) y la supresión de las comunidades religiosas masculinas por el ministro Mendizábal en 1835.

La desamortización de Mendizábal (1835), al igual que en otros inmuebles de la Iglesia en España, provocó que el convento de La Merced pasara a manos públicas, en este caso la Diputación provincial. Este organismo fue el encargado de impulsar la reanudación de las obras en La Merced.

La iglesia siguió abierta al culto y el convento sirvió como instalaciones militares desde 1844.

Posteriormente a partir de 1861 el antiguo convento cambió de uso y alojó a un Instituto de Segunda Enseñanza y Escuela Normal de Maestros.

También ha albergado la sede de la Diputación y del Instituto General Técnico y ha servido como Hospital Provincial, alzando para este uso sanitario un tercer piso en 1957.