L'église de San Esteban est un temple catholique, qui n'est plus en culte, situé dans le quartier du même nom dans la ville de Burgos. Construction gothique remarquable, édifiée essentiellement entre la fin du XIIIe et le début du XIVe siècle, elle abrite aujourd'hui le Museo del Retablo (musée du retable).

L'église, située sur le versant oriental de la colline du château, au confluent des rues San Esteban, Valentín Palencia et Pozo Seco, et donnant son nom au quartier, a commencé à être construite dans le dernier quart du XIIIe siècle, sous le règne d'Alphonse X le Sage, poursuivant sa construction pendant les premières décennies du siècle suivant. Comme la cathédrale voisine, qui a été construite à la même époque, elle a remplacé un temple roman plus ancien, qui était l'une des onze églises de Burgos mentionnées par le pape Alexandre III dans une bulle de 1163.

La proximité du château a parfois été préjudiciable à la construction de San Esteban, comme ce fut le cas dans les années 1475-1476, lorsque le siège de la forteresse pendant la guerre de Succession de Castille a causé des dommages qui ont nécessité la reconstruction de la rosace en 1479 et la réparation de la tour et des piliers en 1485, travaux qui ont duré jusqu'au XVIe siècle. L'œuvre des maîtres Simón de Colonia, Nicolás de Vergara, Juan de Castañeda, ou Juan de Vergara, et Domingo de Veytia date de ce siècle. Le dynamitage du château par les Français en 1813, lors de l'invasion napoléonienne, a de nouveau endommagé des parties de la façade et de la tour.

L'église de San Esteban a été déclarée monument national en 1931.

Depuis que l'église de San Esteban a été transformée en musée du retable, la paroisse de San Esteban a son siège dans l'église voisine de San Nicolás de Bari.