Les premières mentions documentaires de cet ensemble palatial remontent à 1425, lorsque Ruy Fernández, seigneur de Fuentecubierta, acquit pour 750 doublons d'or un ensemble de maisons médiévales qui correspondent aujourd'hui aux cours du Recibo, de l'Archivo et des Naranjos, noyau d'origine du palais. En 1492, Gómez Suárez de Figueroa, gouverneur d'Antequera et membre du Conseil des Vingt-Quatre de Cordoue, fonda un domaine seigneurial, ce qui lui vaut d'être considéré comme le premier propriétaire de l'ensemble, connu depuis lors sous le nom de palais de don Gome. Aux biens hérités de son père s'ajouta, en 1500, l'achat des habitations qui composent l'actuelle place de don Gome.

À la mort de Gómez Suárez de Figueroa, sans descendance, le palais revint à son neveu Bernardino de Figueroa y Córdoba. Son fils, Gómez de Figueroa y Córdoba, premier seigneur de Villaseca, agrandit le domaine en 1545 avec l’acquisition des maisons de la Puentezuela de Tres Caños, aujourd’hui patio de los Gatos, bien qu’il les perdit en 1561 à la suite d’un litige avec sa fille. Le deuxième seigneur de Villaseca, Luis Gómez de Figueroa y Córdoba, a réalisé la première grande transformation de style Renaissance, qui comprenait le patio de Recibo, la façade principale — probablement attribuée à l’artiste cordouan Juan de Ochoa — et les écuries, coïncidant avec son mariage en 1571 avec María de Guzmán de Argote, membre d’une famille cordouane éminente. En 1624, le troisième seigneur de Villaseca, Gómez de Figueroa y Córdoba, fit réaliser les célèbres Rejas de don Gome, une imposante façade dans le patio de las Rejas destinée à relier la demeure à l'extérieur et à refléter le nouveau statut social de la famille. Par la suite, le quatrième seigneur de Villaseca, Luis Gómez Bernardo Fernández de Córdoba y Figueroa, récupéra en 1647 les maisons de la Puentezuela de Tres Caños, aujourd’hui patio de los Gatos.

Au cours du XVIIIe siècle, les rénovations les plus importantes furent entreprises sous l'impulsion d'Ana Rafaela Fernández de Mesa de Argote, sixième marquise de Villaseca, qui encouragea la création des locaux des Archives historiques de Viana, la rénovation de la cour de la Madama et la construction de la cour des Archives vers 1737. Enfin, en 1814, le septième marquis de Villaseca, Diego Rafael Cabrera y Fernández de Mesa, a doublé la superficie du palais en y intégrant les maisons voisines des comtes de Torres Cabrera, obtenues en échange d'un mas, ce qui a permis d'ajouter les cours actuelles de la Cancela, de l'Alberca, du Pozo, des Jardineros, de la Capilla et le vaste jardin.