Der Architekt Gaspar de Solórzano begann mit dem Bau dieser Kirche irgendwann zwischen 1490 und 1496, und sie wurde 1516 fertiggestellt. Obwohl der Turm barock ist und von Pedro de Sierra geschaffen wurde, kann er in die gotische Architektur eingeordnet werden. Die Kirche besteht aus drei Schiffen, die jeweils mit einem Rippengewölbe versehen sind. Auffallend ist das Hauptaltarbild im Inneren, das von Gaspar Becerra begonnen wurde, aber nach seinem Tod von Juan de Juni fertiggestellt wurde. Nach dessen Tod übernahm Esteban Jordán den Bau des Altaraufsatzes, der 1590 vollendet wurde.

Die Orgel der Kirche, die Francisco Ortega 1732 errichtete, ist ein weiterer wichtiger Bestandteil.

Die Kapelle der Empfängnis, die auch als Kapelle der Familie Benavente und als Werk der Brüder Corral de Villalpando bekannt ist, ist in der Kathedrale von Santa Mara von besonderer Bedeutung und gilt als die Sixtinische Kapelle von Kastilien. Lvaro Alfonso de Benavente gab 1543 den Auftrag zum Bau, um dort seine Familie zu bestatten. Sie gilt als hervorragend gebaut und weist Kunstwerke von Juan de Juni und Jerónimo Corralde auf.