Das Sephardische Museum befindet sich im ehemaligen Kloster der Ritter von Calatrava, das an die Synagoge von El Tránsito angebaut ist, und zeigt historische, religiöse und gewohnheitsmäßige Aspekte der jüdischen Vergangenheit in Spanien sowie die der Sephardim, der Nachkommen der Juden, die bis 1492 auf der iberischen Halbinsel lebten.

1964 wurde beschlossen, die Synagoge von El Tránsito oder die Synagoge von Samuel ha-Leví zum Sitz des Sephardischen Museums zu machen, dessen Ziel es ist, das Erbe der spanisch-jüdischen und sephardischen Kultur zu bewahren, damit es zu einem wesentlichen Bestandteil des historischen Erbes Spaniens wird, eine Aufgabe, die es bis heute erfüllt. Gemäß den Bestimmungen des Königlichen Dekrets 1305/2009 vom 31. Juli, mit dem das spanische Museumsnetz geschaffen wurde, ist das Sephardische Museum eines der Nationalmuseen, die dem Staat gehören und von ihm verwaltet werden und dem Kulturministerium unterstehen.

Es ist ein spanisches Nationalmuseum, das dem Ministerium für Bildung, Kultur und Sport unterstellt ist und ausschließlich von der Generaldirektion für Schöne Künste und Kulturerbe verwaltet wird.

Der erste Raum zeigt die Geschichte, die Geographie und die Kultur des jüdischen Volkes im Alten Orient, wo nach den biblischen Schriften die Traditionen entstanden sind, die in ihrem täglichen Leben überleben. Ausgestellt werden archäologische Artefakte aus der Zeit zwischen 2000 v. Chr. und dem 1. Jahrhundert n. Chr. sowie eine Vielzahl kultureller Objekte, die sich mit dem Judentum, seinem Glauben und seinen Bräuchen befassen. Zu den Highlights gehören eine Tora (das heilige Buch des Judentums, bestehend aus dem Pentateuch) und andere liturgische Gegenstände.