Das El-Greco-Museum ist ein Hausmuseum, das dem manieristischen Maler Domenikos Theotokopoulos gewidmet ist, der auf Kreta geboren wurde, aber den Großteil seiner Werke in Toledo schuf. Die Einrichtung, die 1911 zur Sammlung von Werken des kretischen Künstlers eröffnet wurde, ist eine Nachbildung des Hauses, in dem der Maler gearbeitet hat. Das Museum, das zum Ministerium für Kultur und Sport gehört, wird ausschließlich von der Generaldirektion der Schönen Künste verwaltet.

Das Museum bewahrt etwa zwanzig Gemälde von El Greco auf, darunter die Apostel, die als das qualitativ hochwertigste aller erhaltenen Werke gelten, eine der besten Versionen der Tränen des Heiligen Petrus, die Porträts von Diego de Covarrubias und seinem Bruder Antonio, das Altarbild des Heiligen Bernardino, eine Leihgabe des Prado-Museums, und die Ansicht und der Plan von Toledo, das vielleicht bedeutendste Werk der Einrichtung. Ebenso erwarb das Kulturministerium 2021 die Kreuzigung für das El-Greco-Museum, das erste Gemälde des Kreters, das seit seiner Gründung im Jahr 1910 in die Kunstgalerie aufgenommen wurde.

Das Museum verfügt auch über ein beachtliches Repertoire an Werken von Luis Tristán, der als bester Schüler von El Greco gilt und in seinem Werk die starke Prägung durch seinen Meister mit dem karawaggistischen Naturalismus verbindet, den er während seiner Ausbildungszeit in Rom kennengelernt hat. Weitere vertretene Künstler sind Jorge Manuel Theotocópuli, der Sohn von El Greco - von dem ein Exemplar von Expolio, das sich im Besitz des Prado befindet, ausgestellt ist - sowie Sánchez Coello, Bartolomeo Passerotti und Herrera der Ältere, Juan Bautista del Mazo (mit einem großartigen Porträt der Königin Mariana von Österreich mit Witwenkopfschmuck, das ein Geschenk Huntingtons an den Marquis de la Vega-Inclán war), Valdés Leal, Joaquín Sorolla (Porträt des Marquis de la Vega-Inclán) und Raimundo de Madrazo. Viele dieser Werke waren für das "Museum für Spanische Kunst" bestimmt, ein vom Marquis geplantes Projekt, das nie verwirklicht wurde und das dazu dienen sollte, das Werk von El Greco zu kontextualisieren.

Mindestens 25 dieser Werke wurden vom Museo del Prado ausgeliehen.