À Milan se trouvent l'église et le couvent Santa Maria delle Grazie, qui appartient à l'ordre des Prêcheurs. La Cène, une peinture murale de Léonard de Vinci, orne les murs du réfectoire du couvent.

En 1463, le duc Francesco Sforza de Milan commanda la construction d'un couvent dominicain et d'une église sur le site d'une ancienne chapelle de Santa Maria delle Grazie.

Le couvent a été conçu par l'architecte Guiniforte Solari et construit entre 1469 et 1482. Plus tard, Ludovico Sforza chargea Donatto Bramante de rénover le cloître et l'abside de l'église, ce qui fut achevé en 1490. Béatrice d'Este, l'épouse de Ludovico, y fut enterrée en 1497, faisant de l'église le cimetière officiel de la famille Sforza.

Il n'existe aucune preuve que Bramante ait conçu le tiburio (une coupole à base polygonale et à toit pyramidal utilisée dans la Renaissance lombarde), mais son nom apparaît une fois dans les archives de l'église, lorsqu'il reçut une livraison de marbre en 1494. Les érudits modernes s'accordent à dire que Giovanni Antonio Amadeo est l'auteur de l'œuvre. Quoi qu'il en soit, l'architecture gothique de la nef a été partiellement conservée dans cette coupole, bien qu'avec des influences romanes et classiques et à une plus grande échelle.

Les peintures murales de Gaudenzio Ferrari, qui représentent la Passion du Christ dans la première section gothique de la chapelle droite de l'église, sont impressionnantes. Le Couronnement d'épines, un tableau de Titien aujourd'hui conservé au Louvre, était accroché dans la même chapelle. Bramantino a peint le tableau qui se trouve au-dessus de l'entrée de la sacristie ; Bernardino Zenale et Bernardino Butinone ont contribué à la décoration de la nef et d'autres chapelles.

En 1494, le duc de Milan, Ludovico Sforza, demanda à Léonard de Vinci de réaliser une fresque de la Cène pour le réfectoire du monastère. Non seulement l'artiste planifia soigneusement son œuvre, mais il développa également une méthode de peinture inédite, différente de la méthode habituelle du "buon fresco". L'œuvre, considérée par beaucoup comme l'une des plus grandes œuvres d'art jamais créées, a été gravement endommagée par ces événements et d'autres événements historiques. L'église et le couvent ont été bombardés par les Alliés dans la nuit du 15 août 1943. Le réfectoire a été détruit, mais heureusement, le mur représentant la Cène de Léonard de Vinci a pu être sauvé.

En 1980, l'Unesco a inscrit le complexe sur sa liste du patrimoine mondial.

Depuis le 22 juin 1993, l'église du couvent est reconnue comme basilique mineure.