Elle a été fondée en 1480 par le trésorier des Rois Catholiques, Hernán Núñez de Arnalte, qui a donné procuration à sa femme, María Dávila, et à Fray Tomás de Torquemada pour agir en son nom pour la fondation d'un couvent dominicain à Ávila en l'honneur de Saint Thomas d'Aquin. Elle a été expressément déclarée site du patrimoine mondial en 1985, en tant qu'élément individuel faisant partie de la vieille ville d'Avila et des églises hors des murs.

En 1482, sous la direction de Martín de Solórzano, commencent les travaux qui dureront jusqu'en 1493, avec des dons fournis par Don Hernán, et d'autres accordés par les Rois Catholiques, qui choisissent le nouveau couvent pour la résidence d'été et l'enterrement de l'héritier de la couronne, le Prince Don Juan, dans la tombe réalisée des années plus tard par Domenico Fancelli, commandée par Ferdinand le Catholique.

Il a été utilisé comme tribunal pour l'Inquisition. Ses salles ont abrité les dernières années du frère Tomás de Torquemada jusqu'à sa mort le 16 septembre 1498. C'était aussi une maison d'étude et plus tard une université. Dans le style des monarques catholiques, le monastère de Santo Tomás est l'un des joyaux d'Ávila. C'est un grand monastère, avec jusqu'à trois cloîtres différents.

La façade de l'église se distingue par son immense façade avec un grand arc segmentaire et deux contreforts. Ceux-ci forment un "H", la lettre initiale de Hispanidad. Les boules qui courent le long des machones abondent dans tout le bâtiment. En outre, dix statues de l'art de Burgos, réalisées par Gil de Siloé et Diego de la Cruz, sont visibles sous des auvents et des pinacles. Ceux qui sont les plus proches de la porte représentent l'Annonciation. Au milieu de la façade se trouve une grande rosace qui donne de la lumière au chœur et à l'église, et un peu plus haut, le blason des Rois Catholiques soutenu par un aigle.

La nef principale mesure 53 mètres de long sur 10,50 mètres de large et le transept 28,80 mètres de long sur 10,30 mètres de large. Il s'agit donc d'un joyau d'architecture flamboyante. Le transept, délimité par quatre colonnes, ressemblant à des branches de palmiers, forme un écrin pour le tombeau de l'Infant Don Juan.

Dans les huit chapelles, on trouve des sculptures telles que la tombe de la famille Dávila, la tombe du prince Don Juan, ou le groupe représentant Domingo de Guzmán et Francisco de Asís, œuvre de Luis Salvador Carmona. Il convient également de mentionner la chapelle du Cristo de las Angustias ou de la Agonía, où se trouve le confessionnal de sainte Thérèse, et où elle a eu une vision le 15 août 1561. Suite à la restauration effectuée en octobre 2014 sur le Christ de Sainte Thérèse par l'entreprise Édolo Conservación Restauración SL, et après une étude scientifique de Virtudes Jiménez Torrubia, il a été possible d'attribuer cette sculpture au sculpteur Gil de Siloé avec son polychromateur Diego de la Cruz.

Mais le retable principal, réalisé par Pedro Berruguete, est l'œuvre la plus importante de l'église, avec le tombeau de l'Infant Don Juan. Il s'agit de l'un des joyaux de Pedro Berruguete, qui a également réalisé une partie du retable principal de la cathédrale d'Ávila. Elle a été commencée en 1494, un an après la fin de la construction du monastère.

Dix-neuf tableaux sont disposés dans cette magnifique œuvre de style gothique, qui mesure 21 mètres de haut. Le retable est structuré en trois parties, qui contiennent cinq grands panneaux relatifs à divers épisodes de la vie de saint Thomas d'Aquin.

Dans la prédelle, on peut voir de gauche à droite : saint Étienne, saint Augustin, saint Jean l'Évangéliste, saint Matthieu, saint Jérôme et saint Sébastien.

Le chœur surprend par sa grande taille et ses magnifiques stalles. Il est composé de quarante-cinq chaises dans la partie supérieure et de trente-quatre dans la partie inférieure. Cet ensemble de chaises en noyer est de style gothique flamboyant. Les chaises sont en forme de "U" et les deux chaises d'extrémité les plus proches du maître-autel et en face de celui-ci étaient occupées par les monarques catholiques, Isabelle Ier de Castille et Ferdinand II d'Aragon.

Elle a été fabriquée par Martín Sánchez de Valladolid, qui a également réalisé les stalles du chœur de la Cartuja de Miraflores à Burgos.

L'infant Don Juan était le fils unique des monarques catholiques, mais il est mort prématurément avant d'accéder au trône. Sa mère, Isabella, voulait laisser un sarcophage en marbre à son fils dans son testament.

La tombe est l'œuvre de Domenico Fancelli. Il a été sculpté à Gênes en 1511-1512, puis placé dans l'église du monastère. Domenico Fancelli s'est inspiré des tombes des monarques catholiques et de l'art italien.

Le prince, habillé en guerrier, prend une pose sereine avec des traits jeunes et beaux. Les plis du manteau sont d'une grande perfection. À ses pieds, une inscription commémore les qualités du prince et déplore sa mort prématurée. Le tombeau est orné de vertus, d'allégories et de saints. En outre, il y a des gantelets sur les côtés de l'enfant, ce qui indique qu'il n'est pas mort au combat.

Plusieurs des magnifiques reliefs ont été mutilés pendant la guerre d'indépendance en 1809. La grille d'argent entourant la tombe a été volée par les Français, qui ont également profané les restes du prince Jean, dont l'emplacement reste un mystère.

Il s'agit du premier et du plus ancien des trois cloîtres du monastère. Sa petite taille et son absence d'ornementation lui confèrent une grande sobriété.

Ce cloître est de style toscan. Elle comporte deux étages inégaux, en granit, avec 20 arcs et 20 colonnes sans base et de section octogonale, tandis qu'à l'étage supérieur, les arcs sont segmentaires et ont une large circonférence.

Le cloître mesure 19,40 mètres sur 20,90 mètres et comporte deux étages. Il se compose de 18 arcs, avec deux portes d'accès à l'intérieur, et de 38 arcs polylobés sur la partie supérieure.

L'élément le plus remarquable est la voûte nervurée, qui est clairement de style gothique. Les ornements qui décorent la voûte datent presque entièrement de 1935. Les chapiteaux ornant la partie inférieure du cloître et soutenant les pilastres sont différents. Les murs intérieurs révèlent un total de sept portes menant à différentes pièces, toutes dotées d'arches et de structures différentes. Le cloître possède également un coin isolé où les moines se lavaient les mains avant de se rendre au réfectoire.

A l'étage, à l'extérieur du cloître, les toiles que l'on peut voir sont décorées de jougs et de flèches, du blason des Dominicains et de la fleur de lys. Les reliures des jougs et des flèches, ainsi que les bouquets de fleurs, sont tous différents. Des branches de grenades entrouvertes courent le long d'une frise.

Le cloître est très grand et lumineux. Il compte 40 arcs en bas et 56 en haut. Par rapport au cloître du Silencio, il est presque dépourvu d'ornementation, à l'exception des boules qui entourent les arcs inférieurs, ce qui est typique des monuments d'Avila. D'où son nom : Perlado abulense.

Dans l'aile sud de ce cloître se trouvent les salles de classe, aujourd'hui remodelées, de la défunte université de Santo Tomás de Ávila, établie ici au milieu du XVIe siècle et fermée au XIXe siècle, où Gaspar Melchor de Jovellanos a obtenu son diplôme.

Ce cloître abrite également deux musées. D'une part, le musée d'art oriental, inauguré en 1964, qui occupe le palais d'été des monarques catholiques. C'est l'un des deux musées d'art asiatique qui existent en Espagne, avec celui des Pères Augustins à Valladolid. Elle est composée d'œuvres provenant du Japon, du Vietnam, des Philippines et de la Chine. Cette collection ethnographique orientale contient des pièces acquises par les missionnaires dominicains, comme des livres de chœur et de l'ivoire des Philippines.

D'autre part, le musée des sciences orientales, annexé au précédent, consacré aux sciences naturelles, qui faisait partie du cabinet d'histoire naturelle de l'ancienne étude générale de l'Ordre. Avec des spécimens des cinq continents, des vertébrés et des invertébrés, c'est une excellente collection de spécimens zoologiques.