L'église de San Juan Bautista est le siège de la paroisse de San Juan y San Pedro et est l'une des plus anciennes de Jaén.

Dans ce temple se trouve le siège canonique de la Real e Insigne Congregación del Santo Sepulcro y de Siervos de la Orden Tercera de Nuestra Señora de los Dolores, qui fait sa station de pénitence le Vendredi saint de la Semaine sainte de Jaén, et de la Primitiva, Muy Ilustre y Real Cofradía de Nuestra Señora del Carmen, ainsi que des groupes paroissiaux de la Santísima Trinidad et de la Obra Pía de Nuestra Señora del Tránsito.

Le temple a été construit dans la seconde moitié du XIe siècle sur une ancienne mosquée, ce dont témoigne l'existence des restes d'un minaret musulman dans la rue Martínez Molina, derrière le temple.

À la fin du XVIIIe siècle, les vestiges d'un cimetière romain ont été découverts dans sa crypte, ce qui signifie qu'une des portes de la muraille romaine s'y trouvait, car ces fortifications avaient quatre portes et un cimetière aux abords de chacune d'elles. Les deux autres trouvés sont situés, l'un près de la Puerta del Sol, et l'autre près de la Puerta de Martos.

Selon le recensement de 1595, 606 maisons avec un total de 2908 paroissiens en faisaient partie. Actuellement, sa juridiction pastorale s'étend sur une population d'environ 4000 personnes.

À l'intérieur, le maître-autel était présidé par un retable très semblable à ceux conçus pour les chapelles de la cathédrale par les architectes Manuel Martín Rodríguez et Gregorio Manuel López, où figuraient les images de saint Jean-Baptiste et de saint Jean l'Évangéliste, et qui était couronné par une toile de la Sainte-Communion. Les murs du presbytère étaient décorés de onze tableaux aux thèmes variés. Le patronage de cette chapelle était tenu par la famille Coello de Portugal.

À gauche du maître-autel se trouvait une grande chapelle cédée en 1695 et reconstruite en 1726 par Juan Manuel de Bonilla y Olivares, où la dévotion des fidèles était offerte à la Congrégation du Saint-Sépulcre, la Vierge des Douleurs occupant la chapelle. De l'autre côté se trouvait un retable doré avec une image de San Jacinto couronnée d'un diadème en argent, flanquée de deux images de l'Enfant Jésus et de l'Immaculée Conception.

Dans le corps de l'église se trouvaient plusieurs autels de grande dévotion, comme ceux de San Antón, San Félix de Valois, San Juan de Mata, Nuestra Señora de la Encarnación ou San Sebastián, ainsi qu'une toile d'Ánimas. Le chœur était doté d'un grand orgue avec une trompette horizontale, la sacristie possédait de belles commodes en noyer contenant un Saint Christ au baldaquin incarné et quelques tableaux, dont un de la Transfiguration, de Saint Jacques et de Saint Jean Baptiste. Attenant à l'église se trouvait une salle utilisée pour les réunions et les assemblées de la Vénérable Université des Prieurs, une institution corporative dont les statuts furent approuvés en février 1400 et renouvelés en 1705.

La pièce comportait une table et sept sièges en noyer et était présidée par une toile du Christ crucifié, de part et d'autre de laquelle étaient accrochées deux autres de Saint Nicolas et de Toussaint. Il y avait aussi un coffre en noyer pour ranger les trésors et une armoire en pin où étaient stockées les très riches archives de l'université, qui font maintenant partie des archives historiques diocésaines.

Lors de l'aménagement paroissial réalisé en juin 1843, qui laisse la capitale avec seulement cinq paroisses, celle de San Juan est supprimée, laissant le temple comme église auxiliaire de la paroisse de San Pedro et le culte assisté par un de ses vicaires.

La façade principale, assez irrégulière, n'est pas celle d'origine, détruite par un incendie au XVIIIe siècle, et dont il ne reste qu'un grand arc brisé et un clocher à l'angle gauche avec des restes de moulures gothiques élisabéthaines.

En raison de sa construction précaire, de la pente abrupte sur laquelle il se dresse et de son abandon par la ville, le bâtiment a été laissé en ruine pendant les années 1940-1950, ce qui a conduit, de manière drastique, à démolir l'intérieur du temple, ne laissant debout que les murs d'enceinte et configurant un nouvel espace architectural, où l'ancienneté de l'extérieur contraste avec la modernité fonctionnelle de l'intérieur.

On pense que cette église, ainsi que la place de San Juan et les rues adjacentes, étaient des champs ouverts et des vergers en pente raide qui se trouvaient en dehors des limites de l'ancienne ville ibéro-romaine et que les bâtiments qui apparaissent à la fin du XIe siècle ne sont rien d'autre que l'expansion urbaine que la ville a connue à cette époque.

L'intérieur est très fonctionnel, sans aucun vestige de l'ancienne construction. On remarque les images du groupe sculptural du Calvaire, situé dans le presbytère derrière l'autel principal. Elle est datée du XVIe siècle, d'une valeur artistique incommensurable, attribuée à Sebastián de Solís, composée du Christ mort sur la croix, des deux côtés le bon larron, San Dimas, et le mauvais larron Gestas, et à ses pieds l'apôtre San Juan, et qui sont exposées dans le presbytère du temple avec María Santísima del Silencio, attribuée à José de Medina, du milieu du XVIIIe siècle et donnée par les comtes d'Humanes en 1966. Sur l'autel principal, il y a quelques panneaux polychromes appartenant aux fonts baptismaux manquants du XVIIe ou XVIIIe siècle, qui sont actuellement en cours de restauration.

Il y a aussi la sculpture de Nuestra Señora de los Dolores, également réalisée par Sebastián de Solís en 1579, connue pour être l'une des plus belles douleurs de la Semaine Sainte à Jaén ; Une sculpture de la Virgen del Carmen, datant de 1949, puisque l'image primitive a été détruite de façon barbare en 1936, suite à la guerre civile espagnole, et son auteur José Navas-Parejo, dont la principale fête est le 16 juillet, avec imposition de scapulaires et procession ; et une image de la Dormition de la Vierge.