En 1956, le gouvernement de Navarre a créé le Musée de Navarre en tant qu'entité distincte. Il se trouve dans le vieux quartier de Pamplona, dans la rue Cuesta de Santo Domingo s/n. Sa chapelle et sa façade sont des objets du XVIe siècle.

De l'ancien hôpital Nuestra Seora de la Misericordia, fondé au XVIe siècle, il ne reste que la façade principale et l'intérieur de la chapelle.

La façade est l'unique spécimen d'architecture civile de la Renaissance à Pampelune, et elle a été créée en 1556 par Juan de Villarreal et Martn de Azcárate. Il s'agit d'une réinterprétation de l'arc de triomphe de l'architecture antique avec un large éventail d'ornements d'inspiration plateresque.

Un retable du XVIIe siècle provenant d'une église qui se trouvait autrefois dans la rue Mayor, en face de l'église Santiago, à Puente la Reina, sert de façade à l'entrée latérale de la chapelle. Juan de Ancheta a construit la chapelle, qui fait actuellement partie du musée et est utilisée comme auditorium, entre 1547 et 1550 dans le style gothique-renaissance.

L'hôpital a été transféré à l'Hospital de Navarra en 1932, et José Yarnoz Larrosa l'a rénové en 1952 pour en faire un musée, ne conservant presque rien de la structure Renaissance originale.

Le musée a fait l'objet d'un réaménagement en 1986 par les architectes Jordi Garcés et Enric Soria afin de le moderniser et de le restructurer. Lors de cette réorganisation, seules les pièces les plus significatives ont été exposées, ce qui a permis de libérer de l'espace pour leur étude. En ajoutant un espace de rassemblement, un espace pour les expositions temporaires et d'autres commodités, le musée devait être plus accessible au grand public. Les objets préhistoriques ont été placés dans une nouvelle salle sous le jardin, les mosaïques romaines ont été exposées à divers endroits au rez-de-chaussée et les autres objets ont été répartis sur quatre étages.

Adossée à un mur aveugle, la façade Renaissance constitue un aspect distinctif du musée.

L'œuvre d'art a été compilée par la Commission des monuments historiques et artistiques de Navarre, créée en 1860, et poursuivie en 1940 par l'Institution Prince de Viana, un organisme du gouvernement navarrais, dans le but de sauvegarder, restaurer et rechercher le patrimoine artistique et archéologique de la région. On y trouve d'importants artefacts romains ainsi qu'un tableau de Goya.