La cathédrale de Santa Mara de Sigüenza et l'église mudéjare de Santa Mara de la Fuente la Mayor constituent respectivement les deux sièges épiscopaux du diocèse de Sigüenza-Guadalajara. Sa construction a commencé vers l'an 1300. L'intérieur est divisé en trois nefs, avec un portique central à arc en fer à cheval et deux portiques latéraux à arc tumulaire. Le retable majeur de Francisco Mir, de style Renaissance maniériste, est particulièrement remarquable. Une cloche date du XVIIIe siècle, deux autres du XIXe et les cinq autres ont été coulées au XXe. Parmi les églises les plus vénérées de la ville, c'est un lieu d'importance spirituelle.

L'extérieur de l'église n'a pratiquement pas changé depuis sa construction initiale. L'accès principal au bâtiment est situé sur le côté qui fait face à la Plaza de Santa Mara. Une autre porte se trouve sur le mur sud, et une troisième, aujourd'hui interdite, est visible dans le mur de l'ancienne sacristie, qui était reliée à ce côté de l'église. Les arcs en fer à cheval pointus qui composent ces portes sont caractéristiques du style mudéjar, que l'on retrouve dans toute la Syrie.

La brique apparente est utilisée partout, l'arc étant construit par des saillies de briques disposées radialement et bordées par un rang de briques formant des boucles simples par sections, dont certaines contiennent des morceaux de céramique verte. Ils sont encadrés par des piliers trapus, et l'alfiz occidental est orné de projections de briques organisées en un motif rayonnant qui converge vers le centre de la porte. Ces projections reflètent le design de l'entrée elle-même, servant d'imposte faite du même matériau. Une réplique de la porte principale a été installée dans l'ancienne sacristie.

Une arcade construite au début du XVIe siècle dans le style Renaissance d'Alcarria soutient les murs au sud et à l'ouest. La maçonnerie forme les murs extérieurs de l'église, et des couches de briques séparées par divers enduits forment les murs intérieurs. La lanterne carrée du transept, construite au début du XVIIe siècle, est en brique comme le reste de l'église.

La tour de cette église est attachée au mur sud, près du chœur. Des indices suggèrent qu'elle était autrefois coupée du reste de l'église. C'est un bâtiment carré aux épais murs de briques qui ne sont interrompus qu'à deux endroits par d'étroites fentes en forme de flèches qui éclairent l'intriguant escalier menant aux cloches, lesquelles sont protégées par d'imposants arcs en plein cintre, eux-mêmes encadrés par des lignes de briques richement décorées de jeux et de combinaisons. Au-dessus de cette partie du XVIe siècle se trouve une partie plus récente qui culmine dans une flèche de style madrilène et est surmontée d'une corniche également en briques.

Elle est divisée en trois nefs par des pilastres massifs et des arcs en plein cintre, possède un transept souligné par une coupole surmontée d'une lanterne, et un presbytère surélevé. Le plafond de la nef a été réalisé en plâtre, et au-dessus se trouve un ancien plafond à caissons mudéjar qui a été soigneusement conservé. On peut voir une tribune de chœur au niveau du sous-sol de l'église.

Les deux côtés ont des églises avec des chapelles. La chapelle des familles Figueroa et Torres est visible à l'emplacement de l'ancienne sacristie dans la nef épître. On y trouve plusieurs pierres tombales et un bon autel en marbre du XIXe siècle pour honorer la disparition de cette noble famille. La chapelle de la Visitation, construite en 1480 par Don Alonso Yáez de Mendoza, un ancêtre du cardinal Mendoza, se trouve à l'avant de cette nef. L'ancienne chapelle a disparu depuis longtemps, ne laissant que la statue en albâtre d'une femme couchée en habit religieux et les mains en prière. La niche néoclassique avec le blason encapuchonné des Yáez a été érigée par un descendant au XVIIIe siècle, tandis que le reste est un ajout ultérieur.

Juan Sánchez Hurtado, commissaire de l'Inquisition et curé de Santa Mara en 1636, et Manuel de Albornoz y Sotomayor, autre curé de l'église et bienfaiteur de la construction du maître-autel dans le premier quart du XVIIe siècle, sont commémorés par des pierres tombales dans la nef évangélique, chacune portant un blason. Sur ce mur se trouve une peinture de la Vierge de la Varga. La chapelle de la famille Santsimo, fondée par la famille Guzmán au début du XVIe siècle et où tous ses membres ont été enterrés jusqu'au début du XIXe siècle. Les armes polychromes des Guzmán ornent le portail, tandis que l'intérieur de la chapelle est orné de multiples armoiries gigantesques illustrant les différents liens de la famille et de cette légende :

Le M.N. Cavo don Lus Guzmán et Mara de Guzmán, son épouse, SSres. de la Villa de Alvolleque Lugar de Burramiento y descanso et leurs suzesores dans leur maison et Mayorazgos, ont fondé cette chapelle en l'honneur de Notre Dame de la Paix et de la Miséricorde afin qu'ils puissent y reposer, ainsi que leurs enfants et toute autre personne qu'ils jugent digne d'être honorée dans la mort.

La nef centrale, sous le presbytère, est jonchée de pierres tombales et de fragments de pierres tombales.

Dans le presbytère, les visiteurs pourront admirer un front d'autel et une chaire polychromes de style plateresque. Don Juan Morales, originaire de Guadalajara, y a été enterré et sa tombe est visible sur le mur de l'évangile. Sous un arcosolium contemporain se trouve une statue de la fin du XVe siècle représentant le donateur agenouillé sur un coussin et coiffé d'un bonnet en train de prier. Il voit devant lui un beau demi-relief représentant la Résurrection, avec quatre individus et un paysage. Le blason de l'individu apparaît au-dessus des autres.

Un impressionnant retable d'un artiste anonyme du premier tiers du XVIIe siècle est accroché au fond du presbytère. Il comporte deux sections et trois allées, et les espaces d'exposition sont remplis de magnifiques scènes de sculpture en relief représentant des événements de la vie de la Vierge, tels que la Nativité, l'Épiphanie et d'autres, avec en son centre une magnifique représentation de l'Assomption de Marie et un Calvaire au sommet de l'édifice. L'exécution est modérée et élégante dans ses sculptures et ses caractéristiques structurelles, et elle est polychromée dans le style de la Renaissance.