Pompeji wurde schließlich im frühen 3. Jahrhundert v. Chr. nach den Samnitenkriegen zusammen mit einem Großteil der umliegenden Regionen Kampaniens als verbündete Stadt in die römische Herrschaft integriert. Die Stadt wurde zu einem wichtigen Umschlagplatz für Waren, die auf dem Seeweg ankamen und über die nahe gelegene Via Appia nach Rom oder in den Rest Süditaliens gelangten.

Zahlreiche Informationen über das öffentliche Leben in Pompeji stammen aus dem 2. Jahrhundert vor Christus. Mit der zunehmenden Verfügbarkeit schriftlicher Dokumente wird deutlich, dass die Stadt von einem jährlich gewählten Magistrat und einem aus ehemaligen Magistraten zusammengesetzten Rat verwaltet wurde. Diese Regierungsform änderte sich jedoch aufgrund der Beteiligung der Stadt am Alliiertenkrieg von 91-89 v. Chr., in dem die italischen socii (Verbündete) gegen die Römer kämpften, weil diese ihnen nicht das römische Bürgerrecht zugestanden hatten. Während des Konflikts belagerte Sulla die Stadt und nahm sie im Frühjahr 89 v. Chr. Nach dem Sozialen Krieg erhielten die Einwohner von Pompeji, wie auch die anderen Italiker, durch die lex Plautia Papiria schließlich das volle römische Bürgerrecht, wodurch sie endgültig in das römische Italien mit dem Status eines municipium eingegliedert wurden.

Ein wichtiges politisches Ereignis für Pompeji war das Jahr 80 v. Chr., als Sulla den Status der Stadt von einem municipium in eine colonia umwandelte, um seine Veteranen aus den griechischen Kriegen zu versorgen. Die Stadt wurde offiziell Colonia Cornelia Veneria Pompeiana genannt, wobei sich Cornelia" auf Sullas Namen und Veneria" auf Venus, die Gottheit, die ihn beschützte, bezog. Nach der administrativen Neuordnung Italiens durch Augustus wurde Pompeji bis zu seiner Zerstörung in die Region I Latium et Campania eingegliedert.