Das Portal gliedert sich in zwei klar voneinander abgegrenzte Teile, von denen der obere einem im 18. Jahrhundert hinzugefügten barocken Aufsatz entspricht, der von der Skulptur des Heiligen Isidor zu Pferd gekrönt wird – eine Anspielung auf die Tradition des in dem Museum aufbewahrten Banners von Baeza. Das eigentliche romanische Portal, bekannt als Puerta del Cordero, weist zwei Rundbogenarchivolten auf, die mit gerollten Leisten auf Säulen verziert sind, während eine dritte, mit Keilsteinen versehene Archivolte direkt auf den Pfosten ruht und von einer Leiste im Schachbrettmuster eingerahmt wird. Zwischen den Archivolten sind ornamentale Leisten mit Ranken und Palmetten eingefügt, und die Säulen, die in einer geknickten Anordnung stehen, ruhen auf attischen Sockeln auf sehr hohen Plinthen, die nicht den Originalen entsprechen.

Die Kapitelle weisen eine reichhaltige und ausdrucksstarke skulpturale Verzierung auf, mit menschlichen Figuren, die anstelle von Händen und Füßen Klauen haben, geflügelten Gestalten, hockenden Figuren und Pflanzenmotiven. Der Tympanon, der als der älteste im Königreich León gilt und auf die Hochromanik des 11. Jahrhunderts datiert wird, ist aus weißem Marmor gehauen und ruht auf Pfosten, die mit Widderköpfen abgeschlossen sind. Darauf ist das Opfer Isaaks dargestellt, überragt vom mystischen Lamm, das von zwei Engeln gehalten wird, während zwei weitere die Symbole der Passion Christi tragen, ganz im Sinne einer in der mozarabischen Hispania weit verbreiteten Ikonografie, wo diese Szene häufig die Kreuzigung ersetzte.

Rechts erscheinen Sara am Eingang des Zeltes und die beiden Diener Abrahams, einer zu Pferd und der andere, der sich aus Respekt vor einem heiligen Ort die Schuhe auszieht; auch Isaak wird barfuß dargestellt, seine Sandalen sind auf dem Boden zu sehen. Abraham lauscht der göttlichen Stimme, symbolisiert durch die Dextera Domini, während der Opferlamm im Gestrüpp gefangen ist, begleitet von einem Engel. Auf der linken Seite sind die Figuren von Ismael und seiner Mutter Hagar zu sehen, wobei Ismael als Bogenschütze dargestellt ist – eine außergewöhnliche Darstellung, die praktisch ausschließlich in der Hispania des 11. Jahrhunderts zu finden ist. Das gesamte Relief wurde aus regionalem Stein gefertigt, obwohl in den Zwickeln des Bogens Skulpturenteile aus Marmor wiederverwendet wurden, die wahrscheinlich aus der Kirche von Fernando und Sancha stammen und deren heutige Anordnung unzusammenhängend wirkt, was darauf hindeutet, dass sie bei einer späteren Restaurierung neu platziert wurden.

So trägt die Statue des Märtyrers Pelayo ein Buch, das eigentlich dem Heiligen Isidor entsprechen würde, während neben diesem ein Henker mit Messer hinzugefügt wurde, der in Wirklichkeit auf das Martyrium von Pelayo anspielt; der Heilige Isidor ist jedoch durch die Inschrift mit seinem Namen neben dem Kopf zu identifizieren. Im Museum von San Marcos wird eine verwandte Skulptur aufbewahrt, die dem Heiligen Vinzenz von Ávila gewidmet ist, dessen Reliquien ebenfalls im Jahr 1063 in die Kirche gelangten. Über diesen Figuren befinden sich Reliefs mit König David, begleitet von fünf Musikern und einem Geiger, eingerahmt von konzentrischen Kreisen, während über Pelayo ein Geiger und ein Trommler zu sehen sind.

Darüber erstreckt sich ein Fries, der durch die äußere Gewindeform der Archivolte unterbrochen wird und auf dem die Tierkreiszeichen von rechts nach links angeordnet sind. Diese wurden ursprünglich durch Inschriften aus der zweiten Hälfte des 11. Jahrhunderts identifiziert, von denen einige Überreste außerhalb ihrer ursprünglichen Position erhalten sind, was erneut die Wiederverwendung skulpturaler Elemente des Vorgängerbaus bestätigt.