Die heute erhaltene Kirche weist einen Grundriss in Form eines lateinischen Kreuzes auf, der in drei Schiffe unterteilt ist. Die Hauptapsis im hispano-flämischen Stil aus dem 16. Jahrhundert ersetzte die ursprüngliche romanische Apsis, deren ursprüngliche Anordnung heute dank der Markierungen im Bodenbelag der Hauptkapelle – die nach archäologischen Ausgrabungen angebracht wurden – erkennbar ist. Die Seitenapsiden hingegen stammen aus der Romanik und sind mit Tonnengewölben überdacht. Trotz der Erweiterungen und Umbauten, die zur Zeit der Infantin Urraca unter der Leitung des Architekten Deustamben durchgeführt wurden, bietet das Ensemble ein ausgewogenes und stimmiges Gesamtbild. Diese Eingriffe mussten an die von Ferdinand und Sancha erbaute Vorgängerkirche angepasst werden, was erklärt, warum die Apsiden weder in ihrer Breite noch in ihrer Ausrichtung genau mit den Schiffen übereinstimmen.

Das Mittelschiff besticht durch seine beträchtliche Höhe und ist ebenso wie der gerade Abschnitt der Apsis und das Querschiff mit einem Tonnengewölbe überdacht, während die Seitenschiffe Kreuzgewölbe aufweisen. Die Bögen, die die Schiffe voneinander trennen, weisen eine ausgeprägte Überhöhung auf, und die Bögen des Querschiffs haben eine mehrlappige Form, ein Merkmal, das auf das Fortbestehen von Elementen der mozarabischen Kunst hinweist.