Infolge der politischen Veränderungen des 19. Jahrhunderts und der Bürgerkriege geriet das Kloster in einen Verfallsprozess. Im Jahr 1822 wurden die Besitztümer des Klosters zum Verkauf angeboten und die Mönche von den liberalen Somaten, die sich gegen die Absolutisten stellten, vertrieben. Daraufhin wurde das Kloster verlassen und zwei Jahre lang niedergebrannt und geplündert, obwohl die Juwelen zuvor entfernt worden waren. 1825, im ominösen Jahrzehnt Ferdinands VII., kehrten die Mönche zurück und versuchten, die Ordnung wiederherzustellen, die Schäden zu beheben und einen Teil des verlorenen Besitzes zurückzugewinnen. Die anhaltenden Auseinandersetzungen zwischen Liberalen und Absolutisten erwiesen sich jedoch für viele klösterliche Enklaven in Katalonien als verhängnisvoll. Während des ersten Karlistenkriegs 1833 besetzten umherziehende Truppen das Kloster; sie schändeten die Gräber und verbrannten die Gewänder auf der Suche nach Gold und Edelsteinen. Zahlreiche Bände und Dokumente wurden später geborgen, und die Überreste der Gräber wurden nach Tarragona in Sicherheit gebracht. Angesichts dieser Situation beschlossen sowohl die jungen als auch die älteren Brüder, das Kloster zu verlassen, sich in Privathäuser zu flüchten und die wertvollsten Gegenstände, die sie transportieren konnten, mitzunehmen, was zum fast vollständigen Verlust dieser Besitztümer führte. Die Bibliothek, die Archive und die königlichen Gräber wurden im Kloster belassen, wo sie in Zukunft Plünderungen und Entweihungen ausgesetzt waren.

Plünderungen, Brände und mangelnde Pflege hatten den Komplex in eine Ansammlung vergessener Ruinen verwandelt. Im Jahr 1930 wurde das Patronato de Poblet gegründet, um die alten Steine und Kunstwerke, die noch erhalten waren, zu retten, und es wurde eine Bruderschaft der Freunde des Klosters gegründet. Diese Initiativen führten zur Wiederherstellung eines großen Teils des Gebäudes, und 1940 kehrte eine Gruppe von vier italienischen Zisterziensermönchen an den Ort zurück.

Heute ist das Kloster immer noch von Zisterziensermönchen bewohnt, die sich um das Gelände kümmern, beten und einen kleinen Gemüsegarten pflegen. Darüber hinaus betreiben sie ein Gästehaus, in dem zwölf Männer untergebracht sind, die sich geistig zurückziehen wollen und dafür freiwillige Almosen erhalten, wie es in vielen spanischen Klöstern üblich ist.