Die Krypta von Santa Leocadia ist eines der ältesten erhaltenen Überbleibsel der Gruppe von Palast- und Kirchengebäuden, die zur Zeit von Alfons II. in der Gegend existierten und zu denen auch die Kirche San Tirso gehört, obwohl der Bau der Krypta Alfonso III. zugeschrieben wird.

Die Krypta war Teil einer Reihe von zwei übereinander liegenden Heiligtümern, die jedoch nicht miteinander verbunden waren; die Krypta ist das untere Heiligtum und das obere Heiligtum ist die Heilige Kammer.