Der Kreuzgang ist ein gotisches Werk, das in verschiedenen Phasen gebaut wurde, beginnend im Jahr 1300 und abgeschlossen im Jahr 1441. Es hat eine rechteckige Form und misst 27 x 32 Meter, wobei die langen Seiten von einer Arkade aus vier Bögen und die kurzen Seiten von drei Bögen gebildet werden. Er ersetzte den alten romanischen Kreuzgang aus dem 12. Jahrhundert. Im 18. Jahrhundert erfuhr die Anlage eine bedeutende Veränderung durch den Architekten Riva Ladrón de Guevara, als der Boden und der obere Balkon hinzugefügt wurden. Durch die Ausdehnung des Klosters im Laufe der Zeit lassen sich verschiedene Baustile beobachten:

Auf der Nordseite und 2 Abschnitten der Ostseite (neben dem Kapitelsaal), klassische Gotik. Das Werk wurde unter der Schirmherrschaft von Fernando Álvarez de las Asturias zwischen 1300 und 1350 errichtet.

Die Süd- und Westseite sind im Stil der manieristischen Gotik des 14. Jahrhunderts gehalten. Dieser Teil wurde zwischen 1350 und 1400 erbaut, beginnend an der Westseite und weiter im Süden. Das Werk wurde von Alfons XI. und den Bischöfen Sancho und Alfons II. gefördert.

Die Ostseite ist blumengeschmückt und stammt aus dem 15. Jahrhundert. Der Bau dieses Teils wurde 1412 begonnen und 1441 fertiggestellt. Sein Gründer war Bischof Diego Ramírez de Guzmán.

Das Obergeschoss schließlich ist barock und stammt aus dem 17. Jahrhundert und wurde von Riva Ladrón de Guevara erweitert. Es besteht aus vierzehn Fenstern, die alle mit Balkonen ausgestattet sind, die auf den zentralen Innenhof blicken.

Nach dieser Abfolge von Arbeiten ist der heutige Kreuzgang ein rechteckiger umschlossener Hof mit einem kleinen Garten im Inneren und einer Mischung aus verschiedenen architektonischen Varianten mit gotischen und sogar romanischen Elementen (Skulpturen am Eingang des Kapitelsaals) oder Barock (erstes Stockwerk des Kreuzgangs).

Es enthält insgesamt 167 verzierte Kapitelle, von denen der Kragstein der königlichen Jagd und das Agnus Dei aus dem nicht mehr existierenden romanischen Kreuzgang die wichtigsten sind.

Rund um den Kreuzgang befinden sich verschiedene Gräber wie das von Frigión de Cifuentes oder das des Dekans Pedro Gay aus dem 14. Jahrhundert (1348-1369). Weitere bemerkenswerte Elemente im Inneren des Kreuzgangs sind der Grabstein des Bischofs Pelayo und die barocke Tür zum Archiv, ein Werk von José Bernardo de la Meana.

Vom Kreuzgang aus gibt es einen Zugang zum Kapitelsaal.