Die Hauptkuppel der Basílica del Pilar ist ein wesentlicher Bestandteil ihrer Struktur und ihres äußeren Erscheinungsbildes. Sie befindet sich an der Kreuzung zwischen dem Kirchenschiff und dem Mittelteil der Kirche und wird von zehn weiteren Kuppeln begleitet, die über die gesamte Länge des Tempels verteilt sind. Diese sind mit glasierten Kacheln in leuchtendem Grün, Gelb, Blau und Weiß bedeckt, die zur charakteristischen Silhouette der Basilika beitragen.

Die Hauptkuppel, die den zentralen Raum krönt, wurde 1872 im Rahmen eines ehrgeizigen künstlerischen Programms dekoriert, das auf die während des Unabhängigkeitskrieges erlittenen Schäden folgte. An dem von Bernardino Montañés geleiteten Projekt waren bedeutende aragonische Maler der damaligen Zeit beteiligt, die religiöse Szenen wie die Krönung der Jungfrau Maria, die aragonischen Märtyrer, die heiligen Bischöfe, die Evangelisten und andere mit der religiösen Geschichte der Region verbundene Figuren darstellten.

Diese Kuppeln verleihen der Kirche zusammen mit den Türmen und dem Rest der Barockarchitektur ihr unverwechselbares Aussehen und machen sie zu einem der bekanntesten Symbole Zaragozas und zu einem wichtigen Zentrum der Marienverehrung.