Gegenüber dem Hochaltar, im westlichsten Teil der Basilika, befindet sich ein aus flämischer Eiche geschnitztes Renaissance-Chorgestühl, das ein Chorgestühl, ein hohes Gesims mit einem Gnadenstuhl, die Orgel und ein Gitter umfasst.

Das Chorgestühl wurde zwischen 1542 und 1548 von Esteban de Obray, Juan de Moreto und Nicolás Lobato geschaffen. Es besteht aus drei stufenförmig übereinander angeordneten Sitzreihen, die auf einem halbkreisförmigen Grundriss angeordnet sind. Der untere Teil der Sitze ist mit gelbem Buchsbaum verkleidet. Ursprünglich gab es 138 Sitzplätze, von denen heute noch 124 übrig sind, von denen einige an den Seiten des Presbyteriums des Hauptaltars wiederverwendet wurden.

Das ikonografische Programm der Mittelreliefs auf den Rückenlehnen ist ein herausragendes Werk der spanischen Renaissance. Die wichtigsten Sitze zeigen Szenen von der Ankunft der Jungfrau und dem Bau der Heiligen Kapelle durch Santiago und die ersten Konvertiten, während die übrigen Episoden aus dem Leben Marias und der Passion Christi darstellen.

Die Hauptorgel, deren Gehäuse 1610 als "extreme Skulptur" von Juan Bautista Labaña beschrieben wurde, wurde 1529 von Juan de Moreto und Esteban Ropic im plateresken Stil gebaut. Sie blieb in ihrem ursprünglichen Zustand bis 1940, als sie erweitert wurde, um das klassische und romantische Repertoire abzudecken, wobei ihr Gehäuse mit Dekorationen vergrößert wurde, die den ursprünglichen Stil nachahmen.

Das manieristische Geländer im Chorraum wurde zwischen 1573 und 1578 von Juan Tomás Celma geschaffen und hat einen von Guillermo Salbán entworfenen Marmorsockel.