Le cloître principal du monastère est adossé au mur nord de l'église, à laquelle il est relié par une porte romane. Il a été construit en plusieurs phases, remplaçant des pièces antérieures telles que la salle capitulaire. On estime qu'elle était déjà prévue vers 1162-1163, d'après le style architectural de ses voûtes lisses et pointues, caractéristiques de l'art cistercien primitif. Bien que son emplacement au nord de l'église ne soit pas en contradiction avec les normes monastiques, il est inhabituel, car les cloîtres sont traditionnellement situés au sud de l'église.

La salle capitulaire est remarquable par ses proportions et sa magnifique voûte d'ogives. Le réfectoire est toujours utilisé par les moines, tandis que la cuisine, restaurée et équipée, fait partie du circuit touristique et constitue un exemple représentatif des cuisines cisterciennes. En face du réfectoire, dans la cour, se trouve le petit temple du lavabo, une construction du XIVe siècle qui se distingue par ses arcs proportionnés et sa remarquable beauté architecturale.

Malgré les dégâts subis par le monastère au cours du XIXe et du début du XXe siècle, le cloître principal a été restauré, ce qui nous permet d'apprécier ses arcs sobres et harmonieux, datant de la fin du XIIe et du début du XIIIe siècle.

Il existe également d'autres cloîtres plus petits :

Le cloître de San Esteban ou infirmerie est situé à l'extrémité est de l'enceinte monastique, il présente un plan presque régulier. Ses petits côtés ont respectivement 4 et 5 arcs en plein cintre, tandis que les longs côtés ont 8 et 9 piliers sans chapiteaux. La décoration est simple, avec une imposte de motifs végétaux. Ce cloître existait déjà en 1228 et a été reconstruit au XVe siècle.

Le cloître locutoire est situé à côté du mur est de la salle capitulaire et combine des chapiteaux de tradition romane avec des moulures d'arc gothique, reflétant la transition stylistique entre les deux périodes.