La porte du Pardon tire son nom du fait que c'est par là que passaient les pèlerins qui parcouraient le Chemin de Saint-Jacques, dans l'espoir d'obtenir dans cette église les indulgences correspondantes et le pardon de leurs péchés. Elle s'ouvre sur la façade sud du transept et appartient au style roman pur ; ses reliefs sont attribués au maître Esteban, sculpteur qui a également travaillé sur les cathédrales de Pampelune et de Saint-Jacques-de-Compostelle. Sa réalisation est postérieure à celle de la Porte de l'Agneau et constitue la première occasion où Esteban a sculpté une série de thèmes évangéliques qui seraient ensuite reproduits sur d'autres portails du Chemin, comme ceux de la cathédrale de Compostelle, de Santa María de Pampelune et de Toulouse.

La façade est divisée en deux corps par une corniche en damier. Dans le corps supérieur, on trouve trois grands arcs en plein cintre, les latéraux étant aveugles, tandis que les colonnes centrales sont jumelées et présentent des bases attiques à griffes ; la grande fenêtre centrale, fermée par une grille romane, complète ce corps. La partie inférieure abrite le portail proprement dit, dont le tympan est divisé en trois voussures ornées de reliefs représentant des scènes éloignées de l'influence mozarabe, bien que cette réminiscence se conserve dans les entre-voûtes, non pas par le thème mais par la disposition des sculptures de saint Pierre et saint Paul, plaçant saint Paul à la place d'honneur à droite, suivant la tradition hispanique de l'époque.

Les trois scènes représentées sont l’Ascension, la Descente de croix et le Sépulcre vide, contemplées par les trois Marie. Les archivoltes, à moulure en bossage et très surélevées, reposent sur des colonnes à genouillères et sont encadrées par une moulure en damier, tandis que le linteau s’appuie sur des têtes de lion et de chien. L'Ascension, à gauche, se distingue par la représentation du Christ comme s'il était aidé ou poussé vers les cieux par deux anges, avec le nimbe accompagné de l'inscription « Ascendo ad patrem meum et patrem vestrum ». Au centre, la Descente de croix fait preuve d’un grand réalisme, avec deux anges encensoirs sur le bras horizontal de la croix. À droite, les trois Marie se tiennent devant le sépulcre vide, protégé par un ange aux grandes ailes qui couvre toute la scène sous un arc roman surélevé.

Ces compositions du maître Esteban se sont largement répandues parmi les sculpteurs qui parcouraient le Chemin de Saint-Jacques, s’étendant par la suite jusqu’en France et consolidant un répertoire iconographique qui a influencé de manière notable la sculpture romane du XIe siècle.