Il est également appelé "Palais des Habsbourg" et est construit sur deux étages autour du Patio de Mascarones et du presbytère de la basilique, occupant toute la façade de l'Escorial (cour des masques). Il utilise le même style architectural que le Palais Charles Ier du Monastère de Yuste. À l'heure actuelle, seules la salle de combat et les quartiers royaux peuvent être visités. Dans les appartements privés des rois, on peut voir d'importantes peintures de l'école espagnole du début du XVIIe siècle, des écoles italienne et vénitienne du XVIe siècle et de l'école flamande des XVIe et XVIIe siècles, notamment Saint Christophe au gué de Joachim Patinir.

La salle des ambassadeurs, l'une des pièces que l'on traverse avant d'entrer dans les chambres royales, présente un certain nombre d'objets intéressants, notamment des mortiers du XVIIe siècle, une table incrustée d'ivoire, deux cadrans solaires fixés au sol, deux chaises pliantes chinoises de la dynastie Ming (vers 1570) et des portraits de tous les monarques de la Maison d'Autriche. Une attention particulière doit être accordée aux magnifiques portes en marqueterie, un cadeau de l'empereur Maximilien II. La chaise-banc que Philippe II aurait utilisée pour faire son dernier voyage à l'abbaye alors qu'il souffrait de la goutte est également exposée.

Les chambres sobrement décorées qui constituent la "Maison du Roi" sont là car c'est là que vivait l'austère Philippe II. La fenêtre de la chambre royale, qui jouxte l'autel principal de la basilique, permettait au roi d'assister à la messe depuis son lit lorsque sa goutte l'en empêchait. La pièce principale, le bureau, la chambre à coucher et le somptueux oratoire sont les quatre pièces qui composent cette maison.