Connu sous le nom de Jardin botanique royal de Madrid, il s'agit d'un centre de recherche du Conseil supérieur de la recherche scientifique. Fondé par ordonnance royale en 1755 par le roi Ferdinand VI dans le Soto de Migas Calientes, près de la rivière Manzanares, Charles III ordonna son transfert à son emplacement actuel en 1781, sur le Paseo del Prado, à côté du musée des sciences naturelles en cours de construction. Ce jardin botanique abrite des plantes des Amériques et du Pacifique, ainsi que des plantes européennes, sur trois terrasses en gradins.

Profitant de l'irrégularité du terrain, les plantes vivantes exposées au public sont disposées sur quatre terrasses : la Terrasse des peintures, la Terrasse des écoles botaniques, la Terrasse du plan de la fleur et la Terrasse supérieure ou Terrasse des lauriers.

Il possède également des collections scientifiques, telles que l'herbier, la bibliothèque et les archives et la banque de germoplasme.