Les origines du bâtiment remontent à un ambitieux projet inachevé de Pedro Díaz de Palacios, alors maître principal de la cathédrale de Malaga, qui fut chargé en 1629 de construire l'église de San Pedro dans le quartier de Perchel, pour soutenir l'ancienne église paroissiale de San Juan. À cette fin, une église à trois nefs, une chapelle principale, une sacristie et une tour ont été conçues, combinant des éléments ornementaux classiques hérités de la Renaissance, ainsi que le style mudéjar de la magnifique charpente à paires et jointures qui couvre la nef. Pour diverses raisons, ce projet n'a pas été mené à bien, et seule la construction d'une nef a été réalisée, ainsi que la simplification d'autres éléments dans le chœur, et la tour prévue a été laissée comme un beffroi, éliminé plus tard par le clocher existant. Dans le premier quart du XVIIIe siècle, la chapelle monumentale du Sagrario a été construite, dans un style clairement baroque, attribué au maître Unzurrunzaga. Elle est remarquable pour sa riche ornementation, composée de plâtres et de peintures exubérantes, proches du peintre de Malaga Diego de la Cerda.

Au début du XXe siècle et après les événements de 1931 et 1936, le bâtiment étant en état de ruine, il a été décidé de le reconstruire, selon les projets présentés en 1942 et 1943 par l'architecte Enrique Atencia. Dans le rapport de restauration, la structure de l'église a été respectée, mais deux chapelles ont été ajoutées pour abriter les images de la confrérie du Cristo de la Expiración. Aujourd'hui, le bâtiment se distingue par la sobriété et la monumentalité de ses formes, ainsi que par la simplicité de sa magnifique façade, faite de pierres rougeâtres qui se détachent sur le mur. Il convient également de mentionner ses valeurs identitaires, accrues ces cinquante dernières années par la présence de la confrérie du Cristo de la Expiración, dont les images titulaires ont un grand pouvoir de dévotion et de concentration pour une grande partie de la population de Malaga.

L'église a une construction très simple, avec une seule nef, couverte d'une charpente renforcée par des tirants qui reposent sur des paires de corbeaux encastrés dans les murs latéraux.

Le mur de pignon du chœur est revêtu de bois, tandis qu'à la base il est nu, avec trois oculi devant lui. Sur les murs d'enceinte, on trouve de grands arcs en plein cintre, cintrés, le plus souvent aveugles, soutenus par des pilastres doriques. Dans la partie supérieure des murs, il y a des ouvertures évasées couvertes de vitraux.

La chapelle principale a un chœur avec un mur de tête plat, composé d'un arc semi-circulaire aveugle, avec des caractéristiques similaires aux murs de périmètre de la nef.

Les fonts baptismaux sont situés sur le côté gauche du chœur. Elle a été réalisée entre 1600 et 1699, en pierre calcaire, sculptée et polie. Elle se compose d'une base cylindrique sur un socle de section octogonale et d'un bassin circulaire dont l'intérieur et l'extérieur sont vénérés.

Au pied de la nef se trouve le chœur, en bois, élevé sur quatre jacenas, dont la première repose sur deux corbeaux et soutient un parapet à balustrade.