L'église de San Francisco est une église catholique du XIVe siècle située à côté du parc San Lázaro. Il a été déclaré Bien d'intérêt culturel en janvier 1952 et monument historique-artistique national le 16 février de la même année, suite à une démarche controversée au début du XXe siècle.

La façade, de style gothique, présente une rosace au-dessus d'un tornalluvias et une porte à triple archivolte centrée par deux contreforts et un arc trilobé encadrant une porte en bois. Composée de piliers à fût lisse et cannelé avec des chapiteaux phytomorphes, zoomorphes et anthropomorphes (comme en témoigne la présence d'un joueur de cornemuse), la porte présente un ensemble de sculptures en pierre représentant l'Annonciation, ce qui marque apparemment le début de la diffusion de ce type de thème dans les temples religieux, principalement mendiants et dominicains.

L'église présente un plan en croix latine, avec une seule nef et trois chapelles polygonales au niveau du chœur, couvertes par des voûtes d'arêtes. La nef et le transept ont un plafond en bois, avec des arcs en ogive, tandis que les absides sont couvertes d'une voûte d'arêtes, les arêtes reposant sur des piliers avec des chapiteaux.

Le temple abrite une chapelle principale présidée par une sculpture de Saint François d'Assise embrassant le Christ sur la croix, symbole du renoncement du saint au monde matériel pour suivre Jésus. Sous l'image principale se trouvent les sièges qui composent les stalles du chœur, qui sont fragmentés en raison du déplacement de l'église. L'œuvre date du premier tiers du XVIIIe siècle et rappelle les travaux de l'atelier de Francisco de Castro Canseco. Les panneaux du fond montrent plusieurs martyrs franciscains ainsi que diverses dévotions de l'ordre (Saint François, Saint Pascual Bailón, Saint Louis de France, Saint Louis d'Anjou, etc.), tandis que les panneaux principaux présentent des allégories, des blasons et des ornements en général.

L'église abrite quatre sépultures, toutes datant du XVIe siècle et de style plateresque et Renaissance : celles de Gonzalo de Puga et de son épouse Teresa de Noboa, de Juan de Noboa et de sa petite-fille Elvira de Noboa.