Le monastère de San Francisco, qui a été construit dans la première moitié du XIVe siècle, possède une église appelée San Francisco de Oporto.

La structure est faite de granit et combine des caractéristiques gothiques et romanes. Le portique baroque a été construit entre le XVIIe et le XVIIIe siècle.

L'inimitié que l'évêque de Porto de l'époque, Dom Pedro Salvadores, a manifesté pendant de nombreuses années à l'égard de l'ordre franciscain, allant même jusqu'à les bannir de la ville, a rendu extrêmement difficile l'installation des franciscains dans la ville après leur arrivée en 1233. Grâce à l'intervention du pape Innocent V qui, par la bulle Doelentis accepimus, a confirmé la souveraineté de l'ordre franciscain sur la propriété, les frères franciscains ont reçu l'autorisation de construire l'église initiale du monastère de San Francisco en 1245. Grâce à de nombreux soutiens publics, la construction de l'église actuelle a commencé en 1383 et s'est achevée en 1410.

Grâce aux contributions des familles de Porto qui ont construit leurs panthéons dans l'enceinte de l'église pendant une période d'environ 160 ans entre le XVIe et le XVIIe siècle, l'intérieur de l'église a été recouvert de bois par des imagiers portugais, lui donnant ainsi son aspect actuel.

Le climat politique incertain de la nation au cours du XIXe siècle a causé des dommages importants à l'église. La structure a été utilisée comme écurie en 1809, lorsque les troupes napoléoniennes occupaient le Portugal, ce qui a endommagé plusieurs des retables de l'église et d'autres éléments décoratifs comme les colonnes. Le monastère a été démoli pendant la guerre civile portugaise (1828-1834), ne laissant que l'église debout. Les membres de l'ordre franciscain ont été exilés du pays par un décret du roi Pedro IV à la fin de la guerre parce qu'ils avaient pris parti pour le roi Miguel Ier, rival de Pedro IV. L'emplacement original du couvent a été utilisé pour construire l'actuel Palacio de la Bolsa.

Il a été classé monument national en 1910. L'église a été incluse dans l'ensemble monumental de la vieille ville de Porto, au Portugal, lorsqu'elle a été inscrite sur la liste du patrimoine mondial en 1996.

Spécimen exceptionnel de l'architecture gothique à Porto, la structure de l'église n'a pas subi de modifications importantes depuis 1410.

L'église nouvellement construite, qui comportait trois nefs en cinq travées, un transept en saillie et un chœur tripartite avec des contreforts, a considérablement augmenté la taille de la structure précédente. Elle a été achevée en 1410. Deux contreforts décalés renforcent la façade principale (la même solution est utilisée pour renforcer le transept, l'abside et les absidioles).

Le modèle planimétrique choisi est comparable à celui qui a été utilisé avec succès dans de nombreuses églises portugaises depuis le gothique mendiant du XIIe siècle. La présence de thèmes lacrymaux à décor de sphères dans la partie supérieure de la chapelle principale, d'influence galicienne, est une caractéristique régionale significative.

Une rosace à douze pièces est divisée en douze sections sur la façade principale par des colonnes radiales reliées par des arcs. Le retable baroque du portail-frontispice a été ajouté au XVIIIe siècle. Il comporte deux niveaux, dont le premier est flanqué de deux colonnes solomoniques jumelles, et le second contient une niche avec une image de San Francisco et est entouré de corbeaux et de colonnes solomoniques.

Une corniche repose sur des corbeaux le long de la façade sud, qui fait face au fleuve Duero. Sur cette façade, on trouve une porte relativement simple avec trois archivoltes pointues. Des reliefs de style mudéjar sont utilisés pour embellir les moulures intérieures. Un pignon décoré de pentagrammes est présent au-dessus de la porte.

Un autre pentagramme se trouve sur la façade postérieure, au-dessus de l'autel, et est encadré par une petite rosace avec des tracés autour.

L'église actuelle est composée de trois nefs, chacune ayant cinq travées. La nef centrale est plus haute que les nefs latérales et présente un plafond à caissons en bois avec un dessin de pignon. Les dix travées d'arcs en ogive qui composent les nefs sont soutenues par des colonnes à fascias avec des chapiteaux zoomorphes et phytomorphes ; quatre de ces colonnes définissent la tribune du chœur. Comme nous l'avons déjà indiqué, le chœur est tripartite et le transept est en saillie et richement éclairé. Les contreforts massifs qui entourent le maître-autel sont plus profonds. Seule la fenêtre du côté sud du transept reçoit de la lumière car celle du côté nord a été obstruée lors de la construction du Palais de la Bourse. Les lambris du plafond de la nef centrale et du transept ont été installés en 1732.

Une statue de saint François d'Assise datant du XIIIe siècle est la seule œuvre d'art de l'église originale qui ait survécu. L'une des plus anciennes peintures murales conservées dans le pays, attribuée à Antonio Florentim, a été peinte sous le règne de D. Juan Ier et représente Notre-Dame de la Rose. Un retable de 1740 encadre actuellement le groupe.

La chapelle de Notre-Dame de la Conception, également connue sous le nom d'Arbre de Jessé, est une sculpture d'Antonio Gomes et Filipe da Silva qui se trouve sur le côté gauche de l'église. Il s'agit d'une révision d'une œuvre antérieure réalisée entre 1718 et 1721. Les statues créées par le sculpteur bracarense Manuel Carneiro Ado en 1719 sont les plus remarquables de cette œuvre antérieure. Il s'agit d'une gravure multicolore qui montre l'arbre généalogique de Jésus, avec douze rois de Judée reliés au corps couché de Jessé par les branches de l'arbre. Joseph est placé sous une image de la Vierge à l'Enfant au sommet de l'arbre. Les statues de saint Joachim et de sainte Anne, le père et la mère de Marie, ainsi que de quatre médecins franciscains qui ont écrit sur l'Immaculée Conception, se trouvent dans les niches qui entourent l'ensemble.

Le baroque johannique portugais a atteint son apogée dans les années 1750, et des œuvres de cette époque aux influences rococo se trouvent dans la cathédrale. Le retable de l'Annonciation et le retable en l'honneur des saints martyrs franciscains marocains en sont deux exemples. José Teixeira Guimares et Francisco Pereira Campanha ont été chargés d'ajouter de nouveaux éléments à l'église entre 1760 et 1773. Parmi ces retables, citons ceux de la Vierge de la Solitude, de la Vierge de l'Annonciation et de Saint Jean Baptiste dans la chapelle de Carneiros, dans le transept.

Le secrétariat et le bureau de l'ordre à Porto se trouvaient sous les catacombes de l'église de San Francisco, qui ont été construites sous la maison appartenant à l'église entre 1746 et 1749. Deux autres phases de construction sont venues s'ajouter à la première. En 1795, les architectes Antonio Pinto Miranda et Vicente Mazzonneschi ont ajouté une sous-structure sous l'église. Le sol sous l'église de San Antonio a été recouvert par le deuxième ajout, qui a été achevé en 1802.

Les patrons de l'Ordre de Porto et leurs familles y ont été enterrés entre 1749 et 1866. En vertu de la loi sur la santé publique du ministre Costa Cabral, les enterrements ont été arrêtés en 1866. Les sépultures dans le cimetière appartenaient à tous les frères, à l'exception des frères les plus âgés, selon le statut de 1751. Les frères ont commencé à être enterrés dans une section séparée du cimetière municipal d'Agramonte à partir de 1866.