L'église et le monastère qui constituent aujourd'hui la basilique Saint-Isidore ont vu le jour vers l'an 956, sur un terrain situé à proximité du mur romain de la Legio VII Gemina, dans sa partie nord-ouest. La partie occidentale de l'édifice repose directement sur ce mur, qu'elle recouvre même en partie. Dans cette zone, de nombreux tronçons de l'ancienne fortification sont encore conservés en bon état. De plus, sous les dépendances de la collégiale et après diverses interventions de restauration, d'importants vestiges de l'époque romaine ont été mis au jour, tels que de solides murs en briques, des systèmes d'égouts, des céramiques, des tuiles et des conduits de latrines, dont certains portent le sceau de la Legio VII.

Aucun vestige correspondant à la période wisigothique, à la domination musulmane, ni aux premières étapes de la Reconquête n’a été découvert. Les références les plus anciennes dans les chroniques et les documents datent du milieu du Xe siècle et mentionnent les églises de San Juan et de San Pelayo, qui commencent à prendre de l’importance à cette époque.

C'est le roi Sancho Ier de León, surnommé Sancho le Gros, qui a impulsé la construction de cette église. Au fil des siècles, et jusqu'à nos jours, l'ensemble a subi de profondes transformations tant dans sa structure que dans sa fonction spirituelle, traversant des périodes de grande splendeur et d'autres de notable décadence. Ces différentes phases historiques ont été fortement marquées par l'influence des monarques et de leur entourage familial.