L'Alcazaba actuelle est le résultat de quatre étapes : la période andalouse, du Xe au XVe siècle ; la Reconquista à la fin du XVe siècle ; le XVIIIe siècle ; l'abandon de sa structure militaire et sa détérioration, du XIXe siècle au début du XXe siècle ; et sa récupération en tant que monument historico-artistique, des années 1930 à nos jours.

Les historiens musulmans affirment que Badis ben Habs, le monarque berbère de Taïfa, a ordonné la construction de l'Alcazaba avec du marbre, des colonnes et des statues provenant du théâtre romain voisin. D'autres chercheurs ne sont pas d'accord, car il existe des preuves que l'enceinte phénicienne a été rénovée et non construite. Avant Ben Habs, la dynastie des Hammudides, derniers califes de Cordoue et monarques de la taïfa de Malaga, a utilisé l'Alcazaba comme un splendide palais.

Les Almoravides et les Almohades l'ont envahie en 1092 et 1146. En 1279, Muhammad II Ben al-Ahmar la céda au royaume nasride de Grenade.

Ferdinand le Catholique assaillit le château de Hamet el-Zegr et ses golems à Malaga après avoir conquis El Zagal à Velez. L'Alcazaba était alors une forteresse nasride. Le siège commença le 5 mai 1487, avec 3 000 gomeres et 8 000 hommes armés de l'armée nasride. Ali Dordux abandonna l'Alcazaba le 18 août après être devenu mudéjar, tandis qu'El Zegr et Ali Derbal dirigèrent l'Alcazar de Gibralfaro pendant deux jours supplémentaires avant de succomber à la faim et à la soif. Les Rois Catholiques arrivèrent le 19 août et hissèrent la croix et le drapeau castillan sur le donjon de l'Alcazaba. Le roi Ferdinand offrit à Malaga une sculpture de la Vierge de la Victoire, patronne de la ville. Le monarque espagnol avait reçu cette sculpture de l'empereur du Saint-Empire romain germanique Maximilien Ier.

Le tremblement de terre de 1680 et le bombardement de la guerre de Neuf Ans par neuf navires français depuis la baie de Malaga en 1693 ont accéléré le déclin de la citadelle. Après 1675, la citadelle se détériore. Entre 1733 et 1735, le gouverneur de l'Alcazaba, Francisco Antonio de Unzaga Amézaga y Aperribay, autorise les roturiers à assister à la messe dans la chapelle-mosquée de l'oratoire de San Gabriel de l'Alcazaba. Le gouverneur demande au roi l'autorisation de restaurer cette chapelle située dans la Calle del Zagal, près du théâtre romain, gravement détruit lors des tremblements de terre de 1693.

Le secrétaire d'État Manuel Godoy y construisit l'hôpital royal de San Luis après que 479 Français y eurent été emprisonnés pendant la guerre du Roussillon en 1794. Les murs extérieurs et une partie de l'enceinte intérieure ont été utilisés pour construire une ferme. Les travaux de restauration ont commencé dans les années 1930.