En raison des transformations politiques du XIXe siècle et des guerres civiles, le monastère est entré dans un processus de déclin. En 1822, ses biens ont été mis en vente et les moines ont été expulsés par les somatènes libéraux, qui ont affronté les absolutistes. Par la suite, le monastère fut abandonné et, pendant deux ans, il fut incendié et pillé, bien que les trésors de l'orfèvrerie aient été enlevés au préalable. En 1825, au cours de la sinistre décennie de Ferdinand VII, les moines revinrent pour tenter de rétablir l'ordre, de réparer les dégâts et de récupérer une partie de ce qui avait été perdu. Cependant, les conflits permanents entre libéraux et absolutistes se sont avérés désastreux pour de nombreuses enclaves monastiques en Catalogne. Pendant la première guerre carliste, en 1833, des troupes itinérantes occupèrent le monastère, violèrent les tombes, brûlèrent les robes à la recherche d'or et de pierres précieuses. De nombreux volumes et documents ont été récupérés par la suite, et les restes des tombes ont été transportés à Tarragone pour y être conservés. Face à cette situation, les jeunes frères et les vétérans décidèrent d'abandonner le cloître, se réfugiant dans des maisons privées et emportant les objets les plus précieux qu'ils pouvaient déplacer, ce qui conduisit à la perte presque totale de ces biens. La bibliothèque, les archives et les tombes royales ont été laissées dans le monastère, exposées à de futurs pillages et profanations.

Les pillages, les incendies et le manque de soins ont transformé le complexe en une collection de ruines oubliées. En 1930, le Patronato de Poblet a été créé pour sauver les pierres anciennes et les œuvres d'art encore préservées, et une confrérie d'amis du monastère a été fondée. Ces initiatives ont permis de récupérer une grande partie du bâtiment et, en 1940, un groupe de quatre moines cisterciens italiens est revenu sur le site.

Aujourd'hui, le monastère est toujours occupé par des moines cisterciens, qui s'occupent des terrains, prient et entretiennent un petit jardin potager. Ils gèrent également une maison d'hôtes qui offre un hébergement à douze hommes en quête d'une retraite spirituelle, recevant en retour des aumônes volontaires, une pratique courante dans de nombreux monastères espagnols.