La construction du monastère cistercien, tel qu'il est conservé aujourd'hui, a commencé approximativement en 1163, c'est-à-dire environ dix ans après sa fondation, selon la pratique habituelle. On sait que cette même année, Arnau de Bordells fit un don pour la construction définitive en pierre et que Ramón de Cervera, seigneur d'Espluga Jussana, autorisa les moines à extraire la pierre nécessaire à la construction du monastère et de ses dépendances. Les constructions cisterciennes accordaient une attention particulière à l'environnement et à l'emplacement, et il était essentiel de disposer d'un cours d'eau à proximité qui permette d'extraire les canaux nécessaires à l'ensemble.

Lors de la fondation d'un monastère cistercien, des locaux provisoires étaient d'abord construits pour la vie communautaire, en attendant la construction du bâtiment définitif, qui commençait généralement entre dix et vingt ans plus tard, bien que, dans certains cas, il existait déjà un ancien bâtiment modeste où les moines commençaient à résider. Lorsque les grands travaux de maçonnerie commencèrent, une petite chapelle fut rapidement érigée, qui fut ensuite utilisée pour des fonctions telles que l'infirmerie et, dans le cas de Poblet, possédait même un petit cloître, connu sous le nom de cloître de Saint-Étienne ou de l'Infirmerie, dédié au saint patron de l'église ; cette chapelle devint par la suite une chapelle funéraire, constituant avec son cloître le noyau le plus ancien de l'enceinte, datant du XIIe siècle.

Alors que les moines résidaient dans ce noyau, l'église définitive a été construite entre 1162 et 1196, et en 1200, le mur nord attenant au cloître a été achevé. Par la suite, on construisit la salle capitulaire primitive - qui sera transformée quelques années plus tard - l'ancienne sacristie, le parloir et le dortoir des moines à l'étage supérieur. Des travaux d'agrandissement et de rénovation ont été réalisés au milieu du XIIIe siècle, comme en témoignent divers documents de donations et de testaments ; entre 1225 et 1234, on mentionne les travaux du réfectoire pour les convertis et, en 1243, on évoque la construction du dortoir, ce qui laisse supposer qu'au milieu de ce siècle, au moins trois des quatre côtés du cloître étaient déjà érigés. Les donations faites en 1249 et 1250 indiquent que les fonds étaient destinés aux travaux du "nouveau chapitre" et à l'ornementation de la "nouvelle sacristie" et du "nouveau dortoir", c'est-à-dire au remplacement ou au remodelage des pièces originales de la fin du XIIe siècle.

Le monastère s'agrandit au XIVe siècle avec la construction de l'atrium de l'évêque Copons, du cellier qui a remplacé le dortoir des laïcs et d'un dortoir pour les moines retraités, et vers la fin du même siècle, le complexe connu sous le nom de palais du roi Martin l'Humain est construit. Enfin, entre 1789 et 1792, on construisit la nouvelle sacristie, adossée au mur sud de l'église et occupant une partie de la ligne du mur.