Philippe II a promu le monastère de San Lorenzo de El Escorial, entre autres, pour honorer sa victoire à la bataille de San Quintin le 10 août 1557, jour de la San Lorenzo. Sous la direction de Juan Bautista de Toledo, cette bataille a marqué le début de la phase de planification qui a abouti à la pose de la première pierre le 23 avril 1563. Après sa mort en 1567, l'Italien Giovanni Battista Castello El Bergamasco et ensuite son élève Juan de Herrera lui succèdent. Le 13 septembre 1584, vingt et un ans après la pose de la dernière pierre.

Selon le testament de Charles Ier daté de 1558, un monastère devait être établi pour sécuriser le culte autour d'un panthéon familial nouvellement établi. L'empereur préférait reposer loin des cimetières typiques de Trastámara, avec son épouse portugaise Isabella et sa nouvelle dynastie.

Le monastère a été fondé "pour la dévotion et au nom du bienheureux San Lorenzo pour la dévotion particulière" au saint du roi et "en mémoire de la miséricorde et de la victoire que nous avons remportée à San Quintin", selon l'acte de fondation, qui a été signé par Philippe II le 22 avril 1567, quatre ans après le début de la construction. Cette omission de la bataille de San Quintin est probablement due au désir d'éviter de citer une guerre comme raison de la fondation d'un édifice religieux. Parmi les "considérations" du roi, il y avait le fait de remercier Dieu pour les bienfaits reçus, de maintenir ses royaumes comme centres de la foi chrétienne dans la justice et la paix, de se livrer à des actes de culte et de s'enterrer, ainsi que ses épouses, ses frères, ses parents, ses tantes et ses successeurs, dans "une crypte" où l'on prierait continuellement pour leurs âmes. Vue du monastère de l'Escorial, par Michel-Ange Houasse (1723).

Une reconnaissance des "nombreux et vastes bienfaits" que Dieu notre Seigneur nous a procurés ainsi que "combien il a contribué à conduire et à guider nos actes et nos affaires à son saint service."
"Pour avoir soutenu et maintenu nos royaumes dans sa sainte foi et religion, dans la paix et la justice,"
Dieu aime voir des églises créées et établies "où son saint nom est exalté et loué" et où les fidèles servent d'exemple de leur foi.
Selon l'ordre donné par l'Empereur, "dans le cobdecilo qu'il a fait récemment, il nous a commis et remis ce qui concerne sa sépulture et le lieu et partie où son corps et celui de l'Impératrice et Reine, ma dame et mère, devait être placé et déposé". Ceci a été fait afin que "Dieu Notre Seigneur puisse prier et intercéder pour nous et pour les rois nos prédécesseurs et prédécesseurs, et pour le bien de nos âmes".
En outre, il était précisé que "des prières, des sacrifices, des commémorations et des monuments constants devaient être dits pour leurs âmes."

En d'autres termes, le monarque voulait offrir à Dieu un endroit où il pourrait être loué et remercié pour avoir aidé sa famille à San Quintin en priant pour elle. Philippe II voulait offrir à Dieu un lieu où vivre et enterrer sa famille élargie, et non une église pour les fidèles. On ne peut pas non plus passer sous silence la célébration du premier triomphe de Philippe II en tant que roi, l'insulte faite à la France par la mention de la bataille de Saint-Quentin, qui s'est déroulée à seulement 150 kilomètres de Paris, la vénération du martyr espagnol Saint Laurent à une époque où la Réforme s'attaquait au culte des saints et des reliques, ou encore la nécessité d'établir un pôle d'unification pour la nouvelle foi issue du Concile de Trente.

Juan Bautista de Toledo a été invité en Espagne par Philippe II en juillet 1559 pour accomplir un certain nombre de tâches monumentales pour l'aristocratie espagnole. Un nouvel édifice devait être construit pour servir de représentation à une royauté qui, à l'avenir, aurait une compréhension différente de l'État moderne. Le monastère de l'Escorial a d'abord été conçu par Juan Bautista, à qui l'on attribue le mérite d'avoir jeté les bases de la langue herrerienne.

Selon le père Sigüenza en 1605, le rectangle du plan est de 735 sur 580 pieds castillans, soit 205 sur 162 mètres. Le point le plus élevé de la croix s'élève à 95 mètres par rapport au sol de l'église.