La coupole principale de la Basílica del Pilar constitue un élément essentiel de sa structure et de son image extérieure. Située à l'intersection de la nef et de la partie centrale de l'église, elle est accompagnée de dix autres coupoles réparties sur toute la longueur du temple. Celles-ci sont recouvertes de tuiles vernissées de couleur verte, jaune, bleue et blanche, qui contribuent à la silhouette caractéristique de la basilique.

La coupole principale, qui couronne l'espace central, a été décorée en 1872 dans le cadre d'un ambitieux programme artistique qui faisait suite aux dommages subis pendant la guerre d'indépendance. Le projet, dirigé par Bernardino Montañés, a impliqué la participation d'éminents peintres aragonais de l'époque, qui ont représenté des scènes religieuses telles que le couronnement de la Vierge, les martyrs aragonais, les saints évêques, les évangélistes et d'autres figures liées à l'histoire religieuse de la région.

Cet ensemble de coupoles, ainsi que les tours et le reste de l'architecture baroque, confèrent à l'église son aspect unique, ce qui en fait l'un des symboles les plus reconnaissables de Saragosse et un important centre de dévotion mariale.