En face du maître-autel, dans la partie la plus occidentale de la basilique, se trouve un chœur Renaissance sculpté en chêne des Flandres, comprenant des stalles, une haute corniche avec un siège de miséricorde, l'orgue et une grille.

Les stalles ont été réalisées entre 1542 et 1548 par Esteban de Obray, Juan de Moreto et Nicolás Lobato. Elles se composent de trois rangées de sièges superposés en forme de gradins, disposés selon un plan ultramicirculaire. La partie inférieure des sièges est incrustée de buis jaune. Elle comptait à l'origine 138 sièges, mais il en reste 124 aujourd'hui, dont certains ont été réutilisés sur les côtés du presbytère de l'autel principal.

Le programme iconographique des médaillons des dossiers est une œuvre remarquable de la Renaissance espagnole. Les sièges principaux montrent des scènes de la venue de la Vierge et de la construction de la Sainte Chapelle par Saint-Jacques et les premiers convertis, tandis que les autres représentent des épisodes de la vie de Marie et de la Passion du Christ.

L'orgue principal, dont le buffet a été décrit en 1610 comme une "sculpture extrême" par Juan Bautista Labaña, a été réalisé dans le style plateresque par Juan de Moreto et Esteban Ropic en 1529. Il est resté dans son état d'origine jusqu'en 1940, date à laquelle il a été agrandi pour couvrir les répertoires classique et romantique, en agrandissant son buffet avec des décorations imitant le style d'origine.

La balustrade maniériste, située dans le chœur, a été créée par Juan Tomás Celma entre 1573 et 1578, avec une base en marbre conçue par Guillermo Salbán.