La cour du transept est située à l'ouest de la cour de la Monteria. Il a été construit au XIIe siècle, pendant la période almohade, mais a été réformé par la suite. Des voûtes d'arêtes ont été ajoutées sous le règne d'Alphonse X. Le jardin comportait deux niveaux, dont le plus élevé correspondait à la cour actuelle, avec deux galeries principales en forme de croix et quatre périphériques, et un second niveau, situé à 4,7 m au-dessous du premier, occupé par un jardin d'orangers divisé en quatre sections, avec une grande fontaine au centre et des bassins aux extrémités.

Ce jardin inférieur a été recouvert et rempli de terre après le tremblement de terre de Lisbonne pour former l'actuelle cour rectangulaire. Les restes visibles de cet étage inférieur sont visibles depuis la cour Crucero, et la seule partie qui subsiste sont les bains dits de Mara Padilla, auxquels on peut accéder depuis le jardin Danza. Ce sous-sol est composé d'une grande nef de dix travées couvertes par des voûtes d'arêtes. Une longue voûte en berceau protège l'entrée depuis le jardin.

Aujourd'hui, il s'agit d'une cour rectangulaire avec un jardin divisé en quatre quadrants par des haies de myrtes, à l'intérieur desquels poussent des boneterres, des arbres Jupiter, des palmiers, des bougainvilliers et des jasmins.

Plusieurs travaux ont été réalisés dans la cour du Crucero et le palais gothique au XVIIIe siècle. La façade du palais gothique qui donne sur la cour du Crucero a été entièrement rénovée dans le style baroque. Les autres façades de la cour ont également été rénovées, et tout le jardin a été enterré pour élever son sol au niveau des salles. Les côtés des couloirs de la cour ont été murés et laissés en tant que chambres souterraines.