L'université d'Alcalá est organisée autour de trois campus principaux qui reflètent sa croissance et sa diversification académique. Deux d'entre eux sont situés dans la ville d'Alcalá de Henares elle-même : l'un dans le centre historique, qui occupe des bâtiments emblématiques de l'ancien complexe universitaire de la Renaissance, et l'autre, plus moderne, dans la périphérie, connu sous le nom de campus scientifique et technologique, spécialisé dans des domaines tels que l'ingénierie, la biomédecine et les sciences expérimentales. Le troisième campus est situé dans la ville de Guadalajara, étendant ainsi la projection de l'université au niveau régional.

Cette structure multi-campus répond à une réorganisation institutionnelle approuvée par le conseil d'administration de l'université le 2 octobre 2012 et officiellement autorisée par le gouvernement régional de Madrid le 29 octobre de la même année. Avec ce nouveau modèle organisationnel, l'Université d'Alcalá est divisée en 9 facultés et écoles, 2 centres affiliés, 23 départements académiques et 10 instituts de recherche. Cette configuration permet une offre éducative étendue, allant des sciences humaines et sociales à la technologie, la santé et la recherche appliquée, consolidant ainsi l'université en tant que référence académique tant au niveau national qu'international.