Le cardinal Francisco Jiménez de Cisneros, ancien élève de l'Estudio General de Alcalá, a fondé l'université Complutense (également connue sous le nom d'université d'Alcalá ou Cisneriana) en 1499 grâce à trois bulles accordées par le pape Alexandre VI. Le nom "Complutense" vient de Complutum, le nom romain d'Alcalá de Henares, bien que son étymologie exacte soit débattue.

Ces bulles ont permis à Cisneros de créer légalement l'université, de la doter de ressources et de conférer une validité officielle à ses diplômes. Cependant, bien avant de recevoir l'approbation papale, Cisneros avait déjà commencé l'achat de terrains et la construction d'un complexe universitaire novateur, conçu comme une "cité de Dieu" (Civitas Dei), considéré comme le premier campus universitaire conçu à partir de zéro dans l'histoire.

La première pierre a été posée en 1501 et les cours ont commencé en 1508. Au cours de l'année universitaire 1509-1510, cinq facultés étaient en activité : Arts et philosophie, Théologie, Droit canonique, Lettres et Médecine. Cisneros accorde à l'institution des Constitutions qui régissent la vie universitaire et définissent les droits et les devoirs de ses membres.

Le projet de Cisneros avait trois objectifs fondamentaux : former des clercs avec un esprit réformé et un sens spirituel profond (religieux), préparer des professionnels hautement qualifiés pour l'administration et le gouvernement (politique) et renouveler l'enseignement théologique selon les idéaux de l'humanisme classique (culturel).

L'université avait deux autorités supérieures : le recteur, élu par le Colegio Mayor de San Ildefonso, et le chancelier, un poste à vie occupé par l'abbé de l'église magistérielle, qui avait le pouvoir de délivrer des diplômes académiques. Ces deux postes ont fait l'objet de fréquentes tensions au cours des siècles.

Le programme d'études, centré sur la théologie, comprenait également la philosophie, le droit, la médecine, la grammaire, la rhétorique et les langues bibliques. Sa faculté de théologie enseignait trois courants clés de la pensée européenne du XVe siècle - la scolastique, le nominalisme et le thomisme - qui ont fait de l'université un modèle d'enseignement humaniste chrétien d'une grande ampleur doctrinale et d'un grand prestige international.