Sie wurde Ende des 14. Jahrhunderts am Südhang des Hügels des ursprünglichen Vitoria, außerhalb der Stadtmauern und des Tores von San Bartolomé, errichtet. Sie steht wahrscheinlich an derselben Stelle wie die ebenfalls San Miguel geweihte Juradera-Kirche, die in der Gründungsurkunde des Navarra-Königs Sancho VI. der Weise aus dem Jahr 1181 erwähnt wird und sich vor den Toren der Stadt befindet. Die Kirche überragt die Calle Mateo Moraza und beherrscht die Plätze Virgen Blanca und General Loma, die wichtigen Zentren der Stadt, und ihr gotischer Stil steht im Kontrast zu den neoklassizistischen Gebäuden, die sich entlang ihres Sockels befinden.

Es handelt sich um eine rechteckige Kirche mit drei ungleichen, vierjochigen Schiffen, einem achteckigen Chor und zwei seitlichen Apsiskapellen. An der linken Wand befinden sich drei Kapellen und ein zweigeschossiger Raum. An der rechten Wand befinden sich vier Kapellen, das Hauptportal mit seinem Säulengang und die Sakristei. Die Gewölbe bestehen aus einem komplizierten Kreuzrippengewölbe, vor allem das der Hauptkapelle, mit goldfarbenen Rippen und Schlusssteinen sowie den Spitzbögen und weiß verputzten Plementerien, wie die Wandverkleidungen, die die Kirchenschiffe voneinander trennen, über den ehemaligen Bögen.

Im Giebel, der fast von Reihenhäusern verdeckt ist, befindet sich neben dem Turm ein weiterer Zugang zur Kirche, der heute nicht mehr genutzt wird, die so genannte Puerta del Solar, zu der man über eine schmale Treppe von der Calle Correría aus gelangt. An der Außenseite der halb sechseckigen Apsis, die dem Palast der Villa Suso und der Plaza del Machete zugewandt ist, ist noch die vergitterte Nische zu sehen, in der sich die Machete befand, auf der der Treuhänder vor dem Volk schwor, über die Interessen der Stadt zu wachen.

Das Gebäude von San Miguel setzt sich aus verschiedenen Bauphasen zusammen. Vom ältesten Teil, der Ende des 14. bis Anfang des 15. Jahrhunderts gotisch war, sind die Stützen des ersten Abschnitts und das teilweise verstümmelte Hauptportal erhalten. Am besten erhalten ist das Tympanon, das aus drei Bändern besteht, von denen die beiden unteren die traditionellen Szenen des Heiligen Michael zeigen und das obere die glorreiche Erscheinung des Vaters, der Christus, den Erlöser, der Welt schenkt, flankiert von der Jungfrau Maria und dem betenden Johannes. Später, im 15. Jahrhundert, wurden im Rahmen der so genannten baskischen Gotik die runden Säulen mit Kragenkapitellen, die Gewölbe und die bereits erwähnte Puerta del Solar errichtet.

Im plateresken Stil aus dem frühen 16. Jahrhundert sind der Chor, der Säulengang und ein Grabgewölbe in der Hauptkapelle mit dem Mausoleum der Familie Arriaga gestaltet. Die Hauptkapelle selbst stammt aus der Mitte des 16. Jahrhunderts. Ende dieses Jahrhunderts wurde der Turm gebaut, eine prismatische Struktur, die von einer Spitze mit einer sechseckigen Barocklaterne aus dem 18. Jahrhundert gekrönt wird, ein Werk von Valerio de Ascorbe, das dem der nahe gelegenen Kirche San Pedro Apóstol sehr ähnlich ist, die vom selben Künstler errichtet wurde.

Der bemerkenswerteste Teil des Innenraums ist zweifellos das Hauptaltarbild, ein großartiges frühbarockes Werk von Gregorio Fernández, der es zwischen 1624 und 1632 schuf. Das vergoldete Mauerwerk aus drei Abschnitten und fünf Schiffen wird von einem Bildnis der Purísima beherrscht, die ihren Mantel über die Schultern gelegt hat und ihre Hände in der Mitte vereint, im Stil der kastilischen Unbefleckten Empfängnis aus der ersten Hälfte des 17. In den oberen Bereichen sind Szenen des Heiligen Michael zu sehen, die das Bild des Schutzpatrons und die Skulpturengruppe des Kalvarienbergs flankieren. Vor diesem barocken Altarbild gab es ein gotisches und ein weiteres Renaissance-Altarbild, das von Lope de Larrea und Juan de Anchieta in Auftrag gegeben wurde, aber nie vollendet wurde. Zwei Reliefs dieses unvollendeten Altarbildes sind in der Sakristei erhalten.

Der heutige Portikus stammt aus dem 16. Jahrhundert und ist auf den Vorgängerbau aufgesetzt. Sie wird von einem spätgotischen Sternrippengewölbe überdeckt und ist über eine breite Treppe und zwei große, leicht spitz zulaufende Zwillingsbögen zugänglich. Der Komplex öffnet sich zum Platz der Virgen Blanca, der Schutzpatronin der Stadt Vitoria, deren Bildnis sich in einer stabilen Marmornische zwischen den beiden Zugangsbögen befindet. Die Nische stammt aus dem 18. Jahrhundert und besteht aus einer polychromen gotischen Steinnische mit einer majestätischen Jungfrau, die das Kind hält.