Sie ist in einem riesigen gewölbten Raum untergebracht, der 30 mal 9 Meter groß und fast 11 Meter hoch ist. Er befindet sich unter dem Patio de los Evangelistas im östlichen Teil des Klosters und wird vom Patio aus durch fünf ebenerdige Fenster beleuchtet. Das Herzstück ist ein wunderschöner Spiegel mit einem barocken Silberrahmen mit Bergkristall-Akzenten, der ein Geschenk von Königin Mariana von Österreich (der Mutter Karls II.) war, und es gibt sechs weitere, kleinere Spiegel, die in angemessenem Abstand zueinander angeordnet sind und deren Rahmen aus Silberblech bestehen, das fachmännisch gefertigt ist. Der Fußboden besteht aus weißem und grauem Marmor, und das Gewölbe ist mit Grotesken verziert. Niccol Granello und Fabrizio Castello schufen die riesigen Kassettendecken mit einer Vielzahl von Verzierungen zwischen erhöhten Bändern.

Sie verfügt über eine hervorragende Sammlung von Kunstwerken, darunter Werke von Luca Giordano (Christus am Kreuz), Tizian (Christus im Gartengebet), José de Ribera (Der heilige Petrus im Gefängnis), Michel Coxcie (Die Jungfrau, das Jesuskind und die heilige Anna, die ihm ein Stück Obst anbietet), Herrera Barnuevo und Luca Giordanos falscher Prophet Balaan (Johannes der Täufer). Die Anbetung der Heiligen Gestalt, ein Meisterwerk des in Madrid geborenen Claudio Coello, sticht unter ihnen allen hervor. Es stellt die religiöse Zeremonie dar, die am 19. Oktober 1680 anlässlich der feierlichen Überführung der Heiligen Form aus einem anderen Bereich des Klosters in die neue Kapelle in der Sakristei stattfand. Die Komposition ist sowohl im Hinblick auf die Perspektive als auch auf die Beherrschung der dargestellten Figuren bewundernswert: Karl II., der kniet, und Pater Fray Marcos de Herrera,

Das Kunstwerk von Coello, das als Schleier oder Transparenz für das Allerheiligste dient und nur einmal im Jahr entfernt wird, bedeckt den Altar vollständig (am letzten Sonntag im September). Das Gemälde wird dann vom Boden entfernt und gibt den Blick frei auf das von Pietro Tacca geschaffene prächtige Kruzifix mit der exquisit modellierten und in feuervergoldeter Bronze gegossenen Christusfigur sowie auf einen großen, ebenfalls feuervergoldeten Tempel im gotisch-germanischen Stil, der 1,60 Meter hoch ist und von Vicente López entworfen wurde, der 1829 von Ignacio Millán begonnen und 1834 fertiggestellt wurde. Sie ist mit vierzig Statuetten und zehn Büsten geschmückt und beherbergt zahlreiche Artefakte. Eines der Schmuckstücke, das 1936 leider verschwand, war die äußerst kostspielige Monstranz von Isabella II., ein Geschenk der Königin aus dem Jahr 1852, das in Madrid von Carlos Pizzala mit prächtigen Goldschmiedearbeiten gefertigt und mit wertvollen Steinen besetzt wurde. Hinter dem marmor- und bronzefarbenen Altaraufsatz in der Sakristei befindet sich der Ankleideraum, der von Francisco Rizi, José del Olmo und Francisco Filippi geschaffen wurde.