Das Museum wurde 1926 von der Provinzregierung von Santander gegründet, die Jesús Carballo García mit der Leitung und Entwicklung des Museums betraute. Bei der Einweihung war Alfons XIII. anwesend. Es war zunächst im Gebäude des Instituto de Santander, dem heutigen Instituto Santa Clara, untergebracht und zog 1941 in das Erdgeschoss des Palacio de la Diputación Provincial um, wo es bis vor einigen Jahren blieb.

Dieses Zentrum, das für das Studium und die Betrachtung der Vorgeschichte von großer internationaler Bedeutung ist, wurde zu Beginn des 21. Jahrhunderts grundlegend reformiert und neu definiert und zeigt seit Dezember 2001 Räume, in denen alte Sammlungen mit den bei den jüngsten Ausgrabungen gefundenen Materialien kombiniert werden. Sowohl nationale Unternehmen, darunter Caja Cantabria, als auch internationale Unternehmen, insbesondere Texnai aus Japan, haben an dem Projekt mitgearbeitet.

Damals zwang das Projekt für den Bau des neuen Sitzes der kantabrischen Regierung an der Stelle, an der sich das Museum und der vorherige Sitz befanden, das Museum dazu, in das Erdgeschoss des umgebauten Ostmarktes umzuziehen, während es auf seinen endgültigen Standort wartete. Es wurden mehrere Standorte für dieses Museum in Betracht gezogen. Ursprünglich sollte das künftige Museum von Kantabrien im Wasserlauf Las Llamas in Santander errichtet werden, später wurde vorgeschlagen, den ehemaligen Sitz der Bank von Spanien in der kantabrischen Hauptstadt einzurichten. Schließlich wurde 2014 angekündigt, dass das MUPAC den gesamten Ostmarkt belegen würde, wofür eine Einigung mit allen im ersten Stock befindlichen Geschäftslokalen erzielt und das Gebäude für die künftigen Ausstellungsflächen hergerichtet werden müsste. Im August 2016 wurde bestätigt, dass auf dem Parkplatz des Palacio de Festivales neben dem Gamazo, wo sich früher die Lagerhallen von Astilleros del Atlántico befanden, ein neues Gebäude errichtet werden soll.

Die Stärke des Museums für Vorgeschichte und Archäologie von Kantabrien ist seine Sammlung beweglicher Kunstwerke aus dem Jungpaläolithikum, die zu den reichhaltigsten der Welt gehört. Dies sind jedoch nicht die einzigen Stücke im Museum. Die ältesten Überreste im Museum stammen aus der Höhle El Castillo, die mehr als 100.000 Jahre alt ist. Es gibt auch Werkzeuge aus dem Moustérien, die zwischen 100.000 und 40.000 Jahre alt sind, sowie alle möglichen Stücke aus dem Epipaläolithikum, Chalkolithikum und der Bronzezeit. Logischerweise ist die Geschichte Kantabriens von besonderer Bedeutung, mit allen Arten von Objekten des kantabrischen Volkes, darunter verschiedene riesige kantabrische Stelen, wie die Stele von Zurita.

Obwohl die Einrichtung auf prähistorische Archäologie spezialisiert ist, verfügt sie auch über archäologische Funde aus historischen Epochen wie der Antike und dem Mittelalter.