Im Jahr 1956 gründete die Regierung von Navarra das Museum von Navarra als eigenständige Einrichtung. Es befindet sich in der Altstadt von Pamplona in der Calle Cuesta de Santo Domingo s/n. Die Kapelle und die Fassade sind Artefakte aus dem 16.

Vom ehemaligen Krankenhaus Nuestra Seora de la Misericordia, das im 16. Jahrhundert gegründet wurde, sind nur noch die Hauptfassade und das Innere der Kapelle erhalten.

Die Fassade ist ein einzigartiges Beispiel für die zivile Architektur der Renaissance in Pamplona. Sie wurde 1556 von Juan de Villarreal und Martn de Azcárate geschaffen. Es handelt sich um eine Neuinterpretation des Triumphbogens aus der antiken Architektur mit einer Vielzahl von Ornamenten, die von der Platereske inspiriert sind.

Als Fassade des Seiteneingangs der Kapelle dient ein Altaraufsatz aus dem 17. Jahrhundert aus einer Kirche, die einst in der Calle Mayor, gegenüber der Santiago-Kirche in Puente la Reina, stand. Juan de Ancheta errichtete die Kapelle, die heute Teil des Museums ist und als Auditorium genutzt wird, zwischen 1547 und 1550 im Stil der Gotik-Renaissance.

Das Krankenhaus wurde 1932 in das Hospital de Navarra verlegt und 1952 von José Yarnoz Larrosa renoviert, um es in ein Museum umzuwandeln, wobei fast nichts von der ursprünglichen Renaissance-Struktur erhalten blieb.

Das Museum wurde 1986 von den Architekten Jordi Garcés und Enric Soria neu gestaltet, um es zu modernisieren und umzustrukturieren. Bei dieser Umgestaltung wurden nur die bedeutendsten Stücke ausgestellt, um mehr Platz für deren Studium zu schaffen. Durch die Einrichtung eines Versammlungsraums, eines Raums für Wechselausstellungen und anderer Einrichtungen sollte das Museum für die breite Öffentlichkeit zugänglicher werden. Die prähistorischen Artefakte wurden in einem neuen Raum unter dem Garten untergebracht, die römischen Mosaike wurden an verschiedenen Orten im Erdgeschoss ausgestellt, und die übrigen Gegenstände wurden auf vier Stockwerke verteilt.

Die Renaissance-Fassade, die sich vor einer blinden Wand befindet, ist ein markanter Aspekt des Museums.

Das Kunstwerk wurde von der 1860 gegründeten Kommission für historische und künstlerische Denkmäler Navarras zusammengetragen, die 1940 von der Institution Prinz von Viana, einer Einrichtung der Regierung Navarras, mit dem Ziel fortgeführt wurde, das künstlerische und archäologische Erbe der Region zu schützen, zu restaurieren und zu erforschen. Dort befinden sich bedeutende römische Artefakte und ein Goya-Gemälde.